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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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jmforever123

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[求助] 石墨烯上的水滴的模擬已有1人參與

本人模擬的是石墨烯表面的水分子的運動情況，但用vmd顯示后，石墨烯片總是破壞掉了，感覺z方向要使用非周期性邊界條件，但是水分子有長程力作業(yè)，pppm又必須使用周期性邊界條件，本人菜鳥，求大神指教。謝謝。
dimension    3
boundary    p p p
atom_style    full
read_data    h2o.data
pair_style    hybrid lj/cut/tip4p/long 2 1 1 1 0.1546 10.0 12.0 lj/cut 10.0  tersoff
pair_coeff    1 1 lj/cut/tip4p/long 0.0000 0.0000
pair_coeff    1 2 lj/cut/tip4p/long 0.0000 0.0000
pair_coeff    2 2 lj/cut/tip4p/long 0.16275 3.16435
pair_coeff    1 3 lj/cut 0.0000 0.0000
pair_coeff    2 3 lj/cut 0.3876 3.262
pair_coeff    * * tersoff SiC.tersoff NULL NULL C
kspace_style pppm/tip4p 1.0e-4

bond_style    harmonic
bond_coeff    1 450 0.9572

angle_style harmonic
angle_coeff 1 55 104.52

timestep    ${dt}
thermo       $d

graphene.png

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1樓 2016-06-13 16:46:31

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★ ★ ★ ★ ★
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jmforever123: 金幣+5, ★★★很有幫助 2016-06-14 15:19:55

這里有個例子，你參考一下能用不

units    metal
dimension  3
boundary p p f
atom_style full

read_data    mixed-graph-water.dat
neighbor    3.0 bin
neigh_modify  delay 0 every 1 check yes

# set potential function and parameters

### Create Groups ###
group hy type 2    # H_water
group ox type 3    # O_water
set group ox charge -0.8476 #給氫氧原子帶電
set group hy charge 0.4238
region box block INF INF INF INF INF INF units box
group graphite type 1
group boxes region box

### Flexible SPC/E Potential Parameters ###
### Zhang et al., Fluid Phase Equilibria, 262 (2007) 210-216 ###
### 設(shè)置氫氧原子間的作用
pair_style hybrid/overlay rebo lj/cut/coul/long 10.0
pair_coeff * * rebo ./potential/CH.airebo C NULL NULL
pair_coeff 1 2 lj/cut/coul/long 0.0 0.0       # C-H
pair_coeff 1 3 lj/cut/coul/long 0.013 2.71       # C-O
pair_coeff 2 2 lj/cut/coul/long 0.0 0.0       # H-H
pair_coeff 2 3 lj/cut/coul/long 0.0 0.0       # H-O
pair_coeff 3 3 lj/cut/coul/long 0.0067 3.166    # O-O

bond_style  harmonic
bond_coeff  1 7.669 1.0
angle_style harmonic
angle_coeff 1 1.829 109.47
kspace_style  pppm 1.0e-5 #final npt relaxation
kspace_modify slab 3.0

thermo       1
thermo_style custom step pe etotal press temp
thermo_modify norm no
dump          myatom all custom 500 atom.dat id

group slab    type 1    # graphite_slab
group water    type 2 3

timestep 0.0001

velocity    all create 10.0 482748 dist gaussian
fix       freaze_slab slab move linear 0.0 0.0 0.0 #This can be useful for boundary or other atoms, whose movement can influence nearby atoms.
#                            move style  args
fix       zwall water wall/reflect  zhi EDGE
#                      wall/reflect face arg ... keyword value ...
fix       1 all nve
fix       2 all temp/rescale 10 10.0 10.0 0.02 1.0          ##溫度設(shè)置為10度
#    temp/rescale N  Tstart Tstop  window fraction
fix       shake_1 water shake 1e-5 500 0    b       1       a    1 # 算法固定鍵長鍵角化學(xué)鍵的斷裂、生成
dump 1 graphite custom  1  graphite.lammpstrj id type xs ys zs
#                         style tol iter N constraint values  constraint values
dump       dcd_1 all dcd 100 nve_10.dcd
run 10000
write_restart restart.10.*
unfix       2
unfix       shake_1
undump    dcd_1
fix       3 all temp/rescale 10 10.0 100.0 0.02 1.0
fix       shake_2 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1
dump       dcd_2 all dcd 100 nve_10_100.dcd
run 10000
write_restart restart.10_100.*
unfix       3
unfix       shake_2
undump    dcd_2
fix       4 all temp/rescale 10 100.0 200.0 0.02 1.0
fix       shake_3 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1
fix       shake_3 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1
dump       dcd_3 all dcd 100  nve_100_200.dcd
run 10000
write_restart  restart.100_200.*
unfix       4
unfix       shake_3
undump    dcd_3
fix       5 all temp/rescale 10 200.0 298.0 0.02 1.0
fix       shake_4 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1
dump       dcd_4 all dcd 100  nve_200_298.dcd
run 10000
write_restart  restart.200_298.*
unfix       5
unfix       shake_4
undump    dcd_4
fix       6 all temp/rescale 10 298.0 298.0 0.02 1.0
fix       shake_5 water shake 1e-5 500 0 b 1 a 1
dump       dcd_5 all dcd 100  nve_298_298.dcd
run 10000
write_restart restart.298.*

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2樓2016-06-13 19:54:50

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我覺得你可以把z方向的盒子邊長擴大，相當(dāng)于在z方向構(gòu)建一個汽液界面。這樣就相當(dāng)于在三個方向都使用了周期性邊界條件。

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5樓2016-06-14 19:15:13

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引用回帖:

2樓: Originally posted by 完全是火 at 2016-06-13 19:54:50
這里有個例子，你參考一下能用不

units    metal
dimension  3
boundary p p f
atom_style full

read_data    mixed-graph-water.dat
neighbor    3.0 bin
neigh_modify  delay 0 every 1 check  ...

我試一下，非常感謝

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3樓2016-06-13 20:06:07

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還是不行，老是出現(xiàn)ERROR：Lost atoms: original 1520 current 1073

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4樓2016-06-14 15:17:10

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引用回帖:

5樓: Originally posted by 568286346 at 2016-06-14 19:15:13
我覺得你可以把z方向的盒子邊長擴大，相當(dāng)于在z方向構(gòu)建一個汽液界面。這樣就相當(dāng)于在三個方向都使用了周期性邊界條件。

非常感謝，我這個的主要原因就是z方向是不對稱的對吧，然后就需要把z方向擴大。可是擴大之后，下邊界是C原子，上邊界沒有原子，是不是也需要把下邊界往下擴展，不知道可以嗎

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6樓2016-06-14 22:25:30

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可以的，因為根據(jù)周期性邊界條件，上方擴充之后，下方的C其實也是處于汽固界面的。這其實跟你擴充下方是一樣的。

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7樓2016-06-15 00:08:32

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引用回帖:

7樓: Originally posted by 568286346 at 2016-06-15 00:08:32
可以的，因為根據(jù)周期性邊界條件，上方擴充之后，下方的C其實也是處于汽固界面的。這其實跟你擴充下方是一樣的。

謝謝

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8樓2016-06-15 11:09:10

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Niklaus

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老板，一般怎么找代碼哈？

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9樓2016-06-15 15:02:00

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4樓: Originally posted by jmforever123 at 2016-06-14 15:17:10
還是不行，老是出現(xiàn)ERROR：Lost atoms: original 1520 current 1073...

不做這方面的幫不了你哈，好好研究吧。

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10樓2016-06-16 14:36:50

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