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QH_XU新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
啟動(dòng)子的預(yù)測(cè) 已有1人參與
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如題，想要找一個(gè)基因的啟動(dòng)子。我做的是miRNA的啟動(dòng)子預(yù)測(cè)，這個(gè)miRNA是位于CDS序列的，一般要向上游找多少bp會(huì)有啟動(dòng)子區(qū)域呢？ 還有一個(gè)問(wèn)題，我看書(shū)上說(shuō)的啟動(dòng)子都是在5'UTR區(qū)域之前的，有沒(méi)有例外呢？我的這個(gè)基因的cds序列向上游找10000bp都沒(méi)有看到5'UTR區(qū)域，那啟動(dòng)子是在更前面嗎？有沒(méi)有可能，啟動(dòng)子在5'utr后面呢？ 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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分析如下： “miRNA是位于CDS序列的”如果miRNA的宿主基因是一個(gè)編碼基因，那么你就按照宿主基因的情況來(lái)分析就可以了。 “一般要向上游找多少bp會(huì)有啟動(dòng)子區(qū)域呢” 一般情況下選取5UTR上游2000bp作為啟動(dòng)子區(qū)域。一般一般一般情況�。。� “啟動(dòng)子都是在5'UTR區(qū)域之前的，有沒(méi)有例外呢”意外可能是有的，有的一個(gè)啟動(dòng)子啟動(dòng)兩個(gè)基因，下游序列也有調(diào)控上游基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)的情況。但是不用考慮意外情況，，，，，，，，，， “我的這個(gè)基因的cds序列向上游找10000bp都沒(méi)有看到5'UTR區(qū)域”兄弟，你告訴我你怎么“看到”5UTR的，這是什么功力？5UTRA的獲得是一件很難的事情，因?yàn)橐话阃暾霓D(zhuǎn)錄本5端是沒(méi)有特殊標(biāo)志的，RNA又容易降解，比較難獲得轉(zhuǎn)錄本的全長(zhǎng)。不同于3端，有polyA尾的保護(hù)，容易辨識(shí)。所以基因組注釋中的基因的5UTRA通常都是不完整的，只是部分序列。3端序列有相當(dāng)一部分是比較完整的。不明白你怎么說(shuō)你看不到UTR這是什么意思。 “那啟動(dòng)子是在更前面嗎” 在前面應(yīng)該沒(méi)有問(wèn)題，問(wèn)題是你通過(guò)基因組注釋找到UTR之后，要使用DNA序列，在UTR前面截取2000bp來(lái)作為一個(gè)參考啟動(dòng)子。如果沒(méi)有UTR那就截取CDS序列前面的2000bpDNA序列就OK 了。 祝試驗(yàn)順利！ |
2樓2018-06-14 13:39:26
QH_XU
新蟲(chóng) (初入文壇)
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送紅花一朵 |
謝謝你的詳細(xì)解答~我確實(shí)就是個(gè)小白新手，很多基礎(chǔ)知識(shí)還很欠缺，所以提的問(wèn)題可能很蠢  ，謝謝你的幫助~那個(gè)5'utr是在phytozome上面看的，有一些基因的5'utr是有標(biāo)注出來(lái)的。 還想問(wèn)一下，我用不同網(wǎng)站預(yù)測(cè)出來(lái)的啟動(dòng)子位置不同，該如何選擇呢？有沒(méi)有什么靠譜的取舍評(píng)判標(biāo)準(zhǔn)？或者有沒(méi)有哪個(gè)網(wǎng)站是公認(rèn)的比較權(quán)威的呢？謝謝啦~ 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
3樓2018-06-15 10:55:00
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