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QH_XU新蟲 (初入文壇)
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[求助]
啟動子的預(yù)測 已有1人參與
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如題，想要找一個基因的啟動子。我做的是miRNA的啟動子預(yù)測，這個miRNA是位于CDS序列的，一般要向上游找多少bp會有啟動子區(qū)域呢？ 還有一個問題，我看書上說的啟動子都是在5'UTR區(qū)域之前的，有沒有例外呢？我的這個基因的cds序列向上游找10000bp都沒有看到5'UTR區(qū)域，那啟動子是在更前面嗎？有沒有可能，啟動子在5'utr后面呢？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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分析如下： “miRNA是位于CDS序列的”如果miRNA的宿主基因是一個編碼基因，那么你就按照宿主基因的情況來分析就可以了。 “一般要向上游找多少bp會有啟動子區(qū)域呢” 一般情況下選取5UTR上游2000bp作為啟動子區(qū)域。一般一般一般情況�。�！ “啟動子都是在5'UTR區(qū)域之前的，有沒有例外呢”意外可能是有的，有的一個啟動子啟動兩個基因，下游序列也有調(diào)控上游基因轉(zhuǎn)錄表達的情況。但是不用考慮意外情況，，，，，，，，，， “我的這個基因的cds序列向上游找10000bp都沒有看到5'UTR區(qū)域”兄弟，你告訴我你怎么“看到”5UTR的，這是什么功力？5UTRA的獲得是一件很難的事情，因為一般完整的轉(zhuǎn)錄本5端是沒有特殊標(biāo)志的，RNA又容易降解，比較難獲得轉(zhuǎn)錄本的全長。不同于3端，有polyA尾的保護，容易辨識。所以基因組注釋中的基因的5UTRA通常都是不完整的，只是部分序列。3端序列有相當(dāng)一部分是比較完整的。不明白你怎么說你看不到UTR這是什么意思。 “那啟動子是在更前面嗎” 在前面應(yīng)該沒有問題，問題是你通過基因組注釋找到UTR之后，要使用DNA序列，在UTR前面截取2000bp來作為一個參考啟動子。如果沒有UTR那就截取CDS序列前面的2000bpDNA序列就OK 了。 祝試驗順利！ |
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2樓2018-06-14 13:39:26
QH_XU
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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- 專業(yè): 基因組學(xué)
送紅花一朵 |
謝謝你的詳細解答~我確實就是個小白新手，很多基礎(chǔ)知識還很欠缺，所以提的問題可能很蠢  ，謝謝你的幫助~那個5'utr是在phytozome上面看的，有一些基因的5'utr是有標(biāo)注出來的。 還想問一下，我用不同網(wǎng)站預(yù)測出來的啟動子位置不同，該如何選擇呢？有沒有什么靠譜的取舍評判標(biāo)準(zhǔn)？或者有沒有哪個網(wǎng)站是公認的比較權(quán)威的呢？謝謝啦~ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2018-06-15 10:55:00
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