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seamas_gao1銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
請問如何明確一個基因是什么？ 已有1人參與
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我最近在非模式生物中克隆出一個基因，想確定這個基因是什么。 但blast的結(jié)果是foxo1和foxo3，因為這兩個結(jié)果的排名都很靠前，沒法確定這個基因到底是foxo1還是foxo3。 于是我又都通過結(jié)構(gòu)域來檢索，發(fā)現(xiàn)與該基因具有相同結(jié)構(gòu)域組成的檢索結(jié)果里，同樣也是既有foxo1也有foxo3。 我有點糊涂了，通過什么方法能夠確定這個基因到底是foxo1還是foxo3呢，請高手指教！謝謝！ |
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seamas_gao1
銀蟲 (小有名氣)
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3樓2017-09-14 22:16:45
2樓2017-09-14 08:27:32
★
西門吹雪170: 金幣+1, 鼓勵回帖交流 2017-09-20 07:43:06
西門吹雪170: 金幣+1, 鼓勵回帖交流 2017-09-20 07:43:06
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結(jié)構(gòu)域？你說的應(yīng)該是蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)域吧，基因好像沒有，，那你要把它翻譯成蛋白質(zhì)再看了，或者看看ncbi上對基因的注釋有何區(qū)別，也許kegg上面的代謝通路會有不同，你也可以試試那個數(shù)據(jù)庫 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2017-09-14 22:34:20
bullfrog325
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2017-09-20 07:43:27
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西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2017-09-20 07:43:27
| 序列比對其實就是電腦游戲， 參數(shù)改一改， 賞分罰分規(guī)則改一改， 排名結(jié)果就可能出現(xiàn)小幅度變動的。 樓主不要太糾結(jié)你克隆的基因究竟是foxo1還是foxo3, 既然和這兩個都同等程度的相似， 你就先把它叫foxo-like也行。 要是你一定要弄明白到底這個基因更像誰， 你可以測試foxo1 KO 和foxo3 KO表型究竟誰能夠更好地被這個foxo-like救回來。 序列比對分析給你一個方向性的指導(dǎo)， 但是它對不對還是需要做基因功能檢驗。 |
5樓2017-09-15 03:50:53
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