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seamas_gao1銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
請(qǐng)問如何明確一個(gè)基因是什么? 已有1人參與
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我最近在非模式生物中克隆出一個(gè)基因,想確定這個(gè)基因是什么。 但blast的結(jié)果是foxo1和foxo3,因?yàn)檫@兩個(gè)結(jié)果的排名都很靠前,沒法確定這個(gè)基因到底是foxo1還是foxo3。 于是我又都通過結(jié)構(gòu)域來檢索,發(fā)現(xiàn)與該基因具有相同結(jié)構(gòu)域組成的檢索結(jié)果里,同樣也是既有foxo1也有foxo3。 我有點(diǎn)糊涂了,通過什么方法能夠確定這個(gè)基因到底是foxo1還是foxo3呢,請(qǐng)高手指教!謝謝! |

銀蟲 (小有名氣)
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結(jié)構(gòu)域?你說的應(yīng)該是蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)域吧,基因好像沒有,,那你要把它翻譯成蛋白質(zhì)再看了,或者看看ncbi上對(duì)基因的注釋有何區(qū)別,也許kegg上面的代謝通路會(huì)有不同,你也可以試試那個(gè)數(shù)據(jù)庫 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |

木蟲 (正式寫手)
| 序列比對(duì)其實(shí)就是電腦游戲, 參數(shù)改一改, 賞分罰分規(guī)則改一改, 排名結(jié)果就可能出現(xiàn)小幅度變動(dòng)的。 樓主不要太糾結(jié)你克隆的基因究竟是foxo1還是foxo3, 既然和這兩個(gè)都同等程度的相似, 你就先把它叫foxo-like也行。 要是你一定要弄明白到底這個(gè)基因更像誰, 你可以測(cè)試foxo1 KO 和foxo3 KO表型究竟誰能夠更好地被這個(gè)foxo-like救回來。 序列比對(duì)分析給你一個(gè)方向性的指導(dǎo), 但是它對(duì)不對(duì)還是需要做基因功能檢驗(yàn)。 |
銀蟲 (小有名氣)
銀蟲 (小有名氣)
銀蟲 (小有名氣)
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做一個(gè)進(jìn)化樹就能看出來了,同一個(gè)家族會(huì)有標(biāo)志性讀碼框,而同一家族中的不同子家族則會(huì)有一些差異,所以利用進(jìn)化樹和遺傳距離一比對(duì)就知道了,究竟和誰是“一伙”的了,至于命名,我就不懂了,可能要從ncbi上面檢索一下 命名規(guī)則 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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