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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 求助，分子晶體形貌模擬！急！
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xuezheng6533鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
求助，分子晶體形貌模擬！急！
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一個卟啉分子，只有晶胞參數(shù)，我想在MS中Build -> Build Crystal，嘗試不同的空間群，之后再Modules->Morphology->Calculation中模擬晶體形態(tài)嗎？ 我使用BFDH可以得到形態(tài)，但是使用Growth morphology卻得不到形態(tài)。 總是出現(xiàn)“WARNING: The growth rate calculation found one or more unstable crystal surfaces. Check the lattice energy, it should be negative for a stable crystal structure. If it is not you may be using an unsuitable forcefield for the crystal under consideration or you may have an unstable or an unoptimized crystal structure.” 怎么解決�。� 這種模擬分子怎么先優(yōu)化一下��？ |
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morphology用的是晶體結(jié)構(gòu)，所以是優(yōu)化 卟啉晶體 結(jié)構(gòu)文件 forcite的話可以挑個dreiding、pcff力場試試 |
xuezheng6533
4樓2015-07-17 15:10:48
pigrass
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xuezheng6533(月只藍代發(fā)): 金幣+5, 感謝指導！ 2015-07-17 13:45:32
xuezheng6533(月只藍代發(fā)): 金幣+5, 感謝指導！ 2015-07-17 13:45:32
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我覺得提示說的很清楚 你現(xiàn)在的結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定，可以的操作是換個力場，或者先結(jié)構(gòu)優(yōu)化 結(jié)構(gòu)優(yōu)化的話挑forcite或者dmol、高斯什么的，看你需要 |
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2樓2015-07-17 10:49:30
xuezheng6533
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3樓2015-07-17 14:31:51
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5樓2015-07-17 16:31:49
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