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xuezheng6533鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
求助，分子晶體形貌模擬！急！
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一個(gè)卟啉分子，只有晶胞參數(shù)，我想在MS中Build -> Build Crystal，嘗試不同的空間群，之后再M(fèi)odules->Morphology->Calculation中模擬晶體形態(tài)嗎？ 我使用BFDH可以得到形態(tài)，但是使用Growth morphology卻得不到形態(tài)。 總是出現(xiàn)“WARNING: The growth rate calculation found one or more unstable crystal surfaces. Check the lattice energy, it should be negative for a stable crystal structure. If it is not you may be using an unsuitable forcefield for the crystal under consideration or you may have an unstable or an unoptimized crystal structure.” 怎么解決啊？ 這種模擬分子怎么先優(yōu)化一下啊？ |
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xuezheng6533(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+5, 感謝指導(dǎo)！ 2015-07-17 13:45:32
xuezheng6533(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+5, 感謝指導(dǎo)！ 2015-07-17 13:45:32
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我覺得提示說的很清楚 你現(xiàn)在的結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定，可以的操作是換個(gè)力場，或者先結(jié)構(gòu)優(yōu)化 結(jié)構(gòu)優(yōu)化的話挑forcite或者dmol、高斯什么的，看你需要 |
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xuezheng6533
2樓2015-07-17 10:49:30
xuezheng6533
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morphology用的是晶體結(jié)構(gòu)，所以是優(yōu)化 卟啉晶體 結(jié)構(gòu)文件 forcite的話可以挑個(gè)dreiding、pcff力場試試 |
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4樓2015-07-17 15:10:48
xuezheng6533
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跨度好大啊 我現(xiàn)在手上沒軟件，沒記錯(cuò)的話是右鍵display可以找到晶面指數(shù)的顯示選項(xiàng) 8樓2017-12-25 08:17:02
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