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15216105346金蟲 (著名寫手)
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[求助]
求計算鍵角、配位數(shù)的程序 已有3人參與
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本人做的工作是通過分子動力學(xué)模擬計算冰晶石Na3AlF6熔體（非晶體）中的O-F-O的鍵角，Al原子周圍F的配位數(shù)。 目前我已得到平衡構(gòu)像中所有原子的三維坐標， 現(xiàn)求助通過原子坐標數(shù)據(jù)來計算鍵角、配位數(shù)的程序�。。�！ 哪位大神有計算A-B-A型鍵角、配位數(shù)的程序，請發(fā)我一份！ 我的郵箱：15216105346@163.com， 不甚感激！   |
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abinitio
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
15216105346: 金幣+40, ★★★很有幫助 2015-01-24 17:09:45
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15216105346: 金幣+40, ★★★很有幫助 2015-01-24 17:09:45
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建一循環(huán)，算出任意兩個原子之間的距離，如果大于第一近鄰的截斷就不要，如果小于就保留為最近鄰列表。 在每個原子的最近鄰列表中，算出中心原子 與其它原子 的空間夾角，(數(shù)學(xué)問題，已知三角形三邊長求夾角)，最后算統(tǒng)計 不會編程會很麻煩，因為給你代碼也需要你自己根據(jù)自己的數(shù)據(jù)格式進行調(diào)整。matlab會用不？ 配位數(shù)可以通過lammps中的 compute coord/atom來得到 |
Liupeng-MD5樓2015-01-24 14:08:32
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2樓2015-01-23 07:08:21
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4樓2015-01-23 12:55:19
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