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月只藍(lán)主管區(qū)長 (職業(yè)作家)
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MS Discover計(jì)算純表面的問題 已有1人參與
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一直用MS Discover模塊，沒有注意過這個(gè)問題，直到今天有個(gè)同學(xué)問起。 問題是這樣的，MS Discover自帶的教程，該教程目錄如下 Help --> Tutorials --> Discover tutorials --> Polymer interactions with a metal oxide surface 跟著這個(gè)教程，一步步地做，一直做到附圖1中的紅框部分，此時(shí)教程的意思是，優(yōu)化Al2O3的 (0 0 -1)晶面。按教程里面的操作，是在晶體導(dǎo)入之后，直接切面得(0 0 -1)晶面，然后直接地對該晶面進(jìn)行優(yōu)化(沒有做諸如添加真空層之類的操作)。 優(yōu)化完后，得到如附圖2的結(jié)果，從附圖2中的紅框可以看到，優(yōu)化前后，該晶面確實(shí)被優(yōu)化了，因?yàn)榭偰芰繌某跏嫉?456左右，下降到了-8532左右。 問題是這樣出現(xiàn)的，既然上面說到該晶面被優(yōu)化了，而且優(yōu)化能量變化得很大，那么應(yīng)該能從優(yōu)化前后的結(jié)構(gòu)中觀察到區(qū)別，觀察結(jié)果如附圖3所示，附圖3中，左邊的晶面是優(yōu)化之后的，右邊的是優(yōu)化之前的，目測來看，看不見差異，一點(diǎn)差異都看不出來�？紤]到目測的誤差，于是，計(jì)算優(yōu)化后的晶面的能量，如附圖4中所示，附圖4中，左圖是優(yōu)化前后的能量對比，右圖優(yōu)化后的晶面的能量，可以看到，優(yōu)化后的晶面的能量，與優(yōu)化前的一模一樣！ 也就是說，對 (0 0 -1)晶面作優(yōu)化后，輸出的晶面結(jié)構(gòu)和初始的是一樣的。這個(gè)時(shí)候，我們會想到，是不是優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)沒有及時(shí)地更新呢？同時(shí)考慮到，優(yōu)化計(jì)算的過程時(shí)間很短，所以，在discover的setup中，作了如附圖5的設(shè)置。 結(jié)果還是和上述的一樣：Discover對純晶面優(yōu)化的時(shí)候，盡管輸出文件.out中，會給出優(yōu)化前后能量的差異，但是輸出的結(jié)構(gòu)不會更新。 為了排除教程所涉及體系的特殊性，又對其他的晶體進(jìn)行了類似計(jì)算，發(fā)現(xiàn)Discover 對不添加真空層的純表面，全部出現(xiàn)上述情況。 而且，我使用MS6.0 MS6.1兩個(gè)版本重復(fù)了上述計(jì)算，出現(xiàn)一模一樣的情況。 但是一旦給這個(gè)晶面加上真空層，使其從二維變到三維后，結(jié)算后輸出的結(jié)構(gòu)就會更新。 綜上所述，現(xiàn)在的問題是，Discover對純晶面優(yōu)化后，輸出的結(jié)構(gòu)不會更新，今天被這個(gè)問題困擾了。 請使用Discover的朋友給予解答，金幣奉上！ 1.png 2.png 3.png 4.png 5.png [ Last edited by 月只藍(lán) on 2013-10-20 at 18:51 ] |
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月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流！ 2014-03-04 16:50:31
月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流！ 2014-03-04 16:50:31
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初步試下來可能是fix cartesian position的原因 教程中minimize操作解除了之前部分原子cartesian position的fix，minimize前后結(jié)構(gòu)的能量表達(dá)式改變，所以雖然結(jié)構(gòu)看起來一樣，但是能量計(jì)算方式不同，結(jié)果不同 MS6.1 win7x64 按教程步驟確實(shí)發(fā)現(xiàn)最后結(jié)構(gòu)沒有變化，但是out文件的能量不一樣 試了下fix cartesian position的影響 操作步驟 cleave surface——forcefield type assign——分別保存兩個(gè)文件，一個(gè)對部分原子限定笛卡爾坐標(biāo)，一個(gè)不做限定——刪除所有化學(xué)鍵 forcite模塊task為energy——charge use current，forcefield中取消calculate automatically——計(jì)算兩個(gè)結(jié)構(gòu)的能量 到目前為止，可以肯定兩個(gè)結(jié)構(gòu)是完全一樣，只是一個(gè)結(jié)構(gòu)部分原子被限定，另一個(gè)部分原子不被限定 forcite計(jì)算兩個(gè)結(jié)構(gòu)能量顯示不一樣  另外 教程中，輸入文件里是有笛卡爾坐標(biāo)限定的，但是打開結(jié)果文件夾的xsd，坐標(biāo)是不限定的�？梢赃x擇部分原子，modify——constaints觀察結(jié)果文件是否被打勾 關(guān)于fix cartesian position 可以在help里找到解釋 Fixing atoms You can use atom constraints to fix the atomic coordinates of selected atoms during simulations. Fixing atoms simplifies the energy expression, since interactions between fixed atoms are constant and can be ignored. This decreases computational expense of the calculations. |
8樓2014-03-03 22:57:59
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3樓2013-10-21 20:21:45
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4樓2013-10-22 08:50:33
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6樓2014-03-02 22:24:49
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