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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » MS Discover 動力學求助
| 查看: 2789 | 回復: 10 | ||
yida木蟲 (小有名氣)
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[求助]
MS Discover 動力學求助 已有1人參與
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我做小分子在水體系中對金屬表面的吸附模型，如下圖，建好模型結構優(yōu)化后進行了2ns 的NVT后進行了5ns的NVE，但是NVE任務失敗，能量波動閾值采取默認5000，提示能量波動過大。 有以下問題請高手解惑： 體系建的正確的話是不是NVT NVE NPT系綜都能運行？也就是說采用以上三種模型優(yōu)化失敗的話就是模型有問題？ 為什么結構優(yōu)化后進行NPT，立馬就出錯誤信息，說能量波動值太大，這是什么原因？ 模型.jpg 2ns NVT E-t.jpg 2ns NVT T-t.jpg 5ns NVE E-t.jpg 5ns NVE T-t.jpg |
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【答案】應助回帖
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yida: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-04-19 10:52:01
感謝參與，應助指數(shù) +1
yida: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-04-19 10:52:01
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先跑NVT,在跑NPT 這樣對系統(tǒng)的穩(wěn)定性要好一些，也不容易報錯 能量波動閾值采取默認5000，這個要改一下， 加大十來倍（但估計這個改動對你的模型意義不大）你的溫度一下子直接上道了2500K ,這里可以嘗試改變溫控方法，通過控制溫度變化范圍，使溫度收斂。具體是Velocity scale method、還是Nosé and Andersen methods、Berendsen method，自己琢磨下help文件。希望這些能幫到你。 |
3樓2013-04-19 10:24:00
sikasun
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曾一晚
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9樓2015-01-13 18:33:41
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yida(月只藍代發(fā)): 金幣+3, 感謝應助 2015-01-15 20:29:55
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