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wzbhit至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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【求助】MS如何實(shí)現(xiàn)水分子與SiO2反應(yīng)的分子動(dòng)力學(xué)模擬過(guò)程（想得到Si-OH鍵）？
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1、MS Discover或Forcite模塊（其它模塊也可以）如何實(shí)現(xiàn)水分子（H2O）與SiO2反應(yīng)的分子動(dòng)力學(xué)過(guò)程（想得到Si-OH鍵）？如何放置水分子到SiO2表面？ 參考MS tutorial，直接把水分子粘貼放置到SiO2表面，但是Discover Dynamic后觀察軌跡文件，沒(méi)有任何水分子要與SiO2反應(yīng)的跡象，沒(méi)有形成Si-OH。 2、MS中如何實(shí)現(xiàn)將兩片SiO2放置到一起？已使用方法：使用MS Build —> Build layer來(lái)將第一層放SiO2、第二層也放SiO2。但是用Discover模擬，查看軌跡文件沒(méi)有任何形成Si-O-Si鍵的過(guò)程。 3、MS中把晶體形態(tài)的SiO2高溫退火后得到的是否是非晶態(tài)的SiO2？如何實(shí)現(xiàn)高溫退火處理，用的Forcite anneal是否可以做到？ 以上三個(gè)問(wèn)題困擾小弟很久了，希望前輩們指點(diǎn)，十分感謝！ |
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1、Discover和Forcite兩個(gè)模塊中所支持的力場(chǎng)都是非反應(yīng)性力場(chǎng)，其勢(shì)能函數(shù)是不包括判斷鍵的斷裂和生成的，所以你模擬的過(guò)程沒(méi)有發(fā)生化學(xué)反應(yīng)； 2、原因同上，要想模擬化學(xué)反應(yīng)分子動(dòng)力學(xué)，可以選用GULP模塊的反應(yīng)性ReaxFF力場(chǎng)（MS6.0及以上版本）或使用量子計(jì)算動(dòng)力學(xué)模擬（Dmol3模塊、CASTEP模塊）。ReaxFF力場(chǎng)的勢(shì)函數(shù)類型和參數(shù)可以參考help文件中提供的三個(gè)參考文獻(xiàn)（開(kāi)發(fā)這個(gè)力場(chǎng)的人寫(xiě)的），不過(guò)我印象中這個(gè)力場(chǎng)可能不包括Si元素。MS軟件又不支持對(duì)ReaxFF力場(chǎng)的修正，所以你可能只能使用量子計(jì)算來(lái)模擬這個(gè)反應(yīng)過(guò)程，但這個(gè)計(jì)算會(huì)非常非常耗時(shí)。 3、我沒(méi)做過(guò)高溫相變 的模擬，，但是看過(guò)類似的文章，好像是根據(jù)通過(guò)退火動(dòng)力學(xué)后晶體生長(zhǎng)表面原子的有序性來(lái)判斷非晶還是晶體的。 |
16樓2014-01-15 21:51:11
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算了，不想吐槽了，涉及到鍵斷裂生成的過(guò)程除了反應(yīng)力場(chǎng)和first principle沒(méi)有別的選擇，要得到歷程除了動(dòng)力學(xué)(dynamics)模擬，通過(guò)搜索過(guò)渡態(tài)進(jìn)行反應(yīng)動(dòng)力學(xué)(kinetics)也是一種方案。對(duì)于first principle涉及到溶劑化問(wèn)題能夠減小計(jì)算量的方案可以是QM/MM，也可以采用SCRF（隱式溶劑化），或者采用DFTB的半經(jīng)驗(yàn)方法來(lái)減小計(jì)算量。非金屬體系CPMD也是好的選擇。 “文獻(xiàn)上說(shuō)：將水分子隨即放置到切割SiO2表面，跑動(dòng)力學(xué)，然后就會(huì)生成Si-OH”，如果你確定文獻(xiàn)是采用經(jīng)典動(dòng)力學(xué)做的，很大概率應(yīng)該是采用了反應(yīng)力場(chǎng)做的。 |
18樓2015-08-20 23:49:13
wzbhit
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4樓2011-02-25 20:22:19
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wzbhit(金幣+5): 2011-02-26 15:20:18
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discover和forcite都是經(jīng)典分子動(dòng)力學(xué)，選用的力場(chǎng)或者叫做經(jīng)驗(yàn)勢(shì)進(jìn)行的模擬，而這樣的勢(shì)函數(shù)有很大的局限性，不同的模型是不一定適用的。 建議：1以前是否有人采用經(jīng)典分子動(dòng)力學(xué)方法模擬過(guò)相同或者相似的反應(yīng)，如果有，就用它用過(guò)的力場(chǎng)。或者采用量子分子動(dòng)力學(xué)CPMD用贗勢(shì)，模擬這個(gè)過(guò)程；個(gè)人認(rèn)為鍵不是圖上顯示有就有，顯示無(wú)就無(wú) 2同上，力場(chǎng)可能不合適 3額 這個(gè)沒(méi)用過(guò) 不知道 |
6樓2011-02-26 13:04:32
franch
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17樓2015-08-20 16:18:49
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樓主，你好，我也想做反應(yīng)模擬，但是本科大四小白，即將上研究生，想請(qǐng)教您這方面的東西 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
20樓2017-05-11 19:58:27
21樓2017-05-11 19:59:01
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22樓2022-03-07 19:35:56
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朱紅偉隨14樓
2012-04-24 16:15
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[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 152697 2026-03-12 | 4/200 |
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