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[交流]
【求助】MS如何實現(xiàn)水分子與SiO2反應的分子動力學模擬過程（想得到Si-OH鍵）？
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1、MS Discover或Forcite模塊（其它模塊也可以）如何實現(xiàn)水分子（H2O）與SiO2反應的分子動力學過程（想得到Si-OH鍵）？如何放置水分子到SiO2表面？ 參考MS tutorial，直接把水分子粘貼放置到SiO2表面，但是Discover Dynamic后觀察軌跡文件，沒有任何水分子要與SiO2反應的跡象，沒有形成Si-OH。 2、MS中如何實現(xiàn)將兩片SiO2放置到一起？已使用方法：使用MS Build —> Build layer來將第一層放SiO2、第二層也放SiO2。但是用Discover模擬，查看軌跡文件沒有任何形成Si-O-Si鍵的過程。 3、MS中把晶體形態(tài)的SiO2高溫退火后得到的是否是非晶態(tài)的SiO2？如何實現(xiàn)高溫退火處理，用的Forcite anneal是否可以做到？ 以上三個問題困擾小弟很久了，希望前輩們指點，十分感謝！ |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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1、Discover和Forcite兩個模塊中所支持的力場都是非反應性力場，其勢能函數(shù)是不包括判斷鍵的斷裂和生成的，所以你模擬的過程沒有發(fā)生化學反應； 2、原因同上，要想模擬化學反應分子動力學，可以選用GULP模塊的反應性ReaxFF力場（MS6.0及以上版本）或使用量子計算動力學模擬（Dmol3模塊、CASTEP模塊）。ReaxFF力場的勢函數(shù)類型和參數(shù)可以參考help文件中提供的三個參考文獻（開發(fā)這個力場的人寫的），不過我印象中這個力場可能不包括Si元素。MS軟件又不支持對ReaxFF力場的修正，所以你可能只能使用量子計算來模擬這個反應過程，但這個計算會非常非常耗時。 3、我沒做過高溫相變 的模擬，，但是看過類似的文章，好像是根據通過退火動力學后晶體生長表面原子的有序性來判斷非晶還是晶體的。 |
16樓2014-01-15 21:51:11
★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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算了，不想吐槽了，涉及到鍵斷裂生成的過程除了反應力場和first principle沒有別的選擇，要得到歷程除了動力學(dynamics)模擬，通過搜索過渡態(tài)進行反應動力學(kinetics)也是一種方案。對于first principle涉及到溶劑化問題能夠減小計算量的方案可以是QM/MM，也可以采用SCRF（隱式溶劑化），或者采用DFTB的半經驗方法來減小計算量。非金屬體系CPMD也是好的選擇。 “文獻上說：將水分子隨即放置到切割SiO2表面，跑動力學，然后就會生成Si-OH”，如果你確定文獻是采用經典動力學做的，很大概率應該是采用了反應力場做的。 |
18樓2015-08-20 23:49:13
4樓2011-02-25 20:22:19
★ ★ ★
wzbhit(金幣+2):謝謝參與
zzy870720z(金幣+2): 謝謝參與討論 2011-02-26 14:11:51
wzbhit(金幣+5): 2011-02-26 15:20:18
wzbhit(金幣+2):謝謝參與
zzy870720z(金幣+2): 謝謝參與討論 2011-02-26 14:11:51
wzbhit(金幣+5): 2011-02-26 15:20:18
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discover和forcite都是經典分子動力學，選用的力場或者叫做經驗勢進行的模擬，而這樣的勢函數(shù)有很大的局限性，不同的模型是不一定適用的。 建議：1以前是否有人采用經典分子動力學方法模擬過相同或者相似的反應，如果有，就用它用過的力場。或者采用量子分子動力學CPMD用贗勢，模擬這個過程；個人認為鍵不是圖上顯示有就有，顯示無就無 2同上，力場可能不合適 3額 這個沒用過 不知道 |
6樓2011-02-26 13:04:32
11樓2011-04-05 21:43:53
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21樓2017-05-11 19:59:01
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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本帖內容被屏蔽 |
22樓2022-03-07 19:35:56
簡單回復
朱紅偉隨14樓
2012-04-24 16:15
回復
wzbhit(金幣+2): 謝謝參與
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