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yida木蟲 (小有名氣)
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[求助]
MS Discover 動(dòng)力學(xué)求助 已有1人參與
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我做小分子在水體系中對金屬表面的吸附模型，如下圖，建好模型結(jié)構(gòu)優(yōu)化后進(jìn)行了2ns 的NVT后進(jìn)行了5ns的NVE，但是NVE任務(wù)失敗，能量波動(dòng)閾值采取默認(rèn)5000，提示能量波動(dòng)過大。 有以下問題請高手解惑： 體系建的正確的話是不是NVT NVE NPT系綜都能運(yùn)行？也就是說采用以上三種模型優(yōu)化失敗的話就是模型有問題？ 為什么結(jié)構(gòu)優(yōu)化后進(jìn)行NPT，立馬就出錯(cuò)誤信息，說能量波動(dòng)值太大，這是什么原因？ 模型.jpg 2ns NVT E-t.jpg 2ns NVT T-t.jpg 5ns NVE E-t.jpg 5ns NVE T-t.jpg |
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2樓2013-04-19 10:19:27
zmy0714
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先跑NVT,在跑NPT 這樣對系統(tǒng)的穩(wěn)定性要好一些，也不容易報(bào)錯(cuò) 能量波動(dòng)閾值采取默認(rèn)5000，這個(gè)要改一下， 加大十來倍（但估計(jì)這個(gè)改動(dòng)對你的模型意義不大）你的溫度一下子直接上道了2500K ,這里可以嘗試改變溫控方法，通過控制溫度變化范圍，使溫度收斂。具體是Velocity scale method、還是Nosé and Andersen methods、Berendsen method，自己琢磨下help文件。希望這些能幫到你。 |
3樓2013-04-19 10:24:00
sikasun
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4樓2013-04-19 10:25:36
yida
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5樓2013-04-19 10:51:17
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6樓2013-04-19 10:51:34
曾一晚
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【答案】應(yīng)助回帖
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yida: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-04-19 18:46:36
yida: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-04-19 18:46:36
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溫度肯定是會(huì)一直波動(dòng)的，只是波動(dòng)范圍大小不同而已，所以說樓主說的那個(gè)標(biāo)準(zhǔn)是不一定準(zhǔn)確的。下面是別人跟我說的：分子動(dòng)力學(xué)模擬是先確定一個(gè)溫度，然后根據(jù)動(dòng)能的關(guān)系來計(jì)算分子的速度，最后潛在的是速度平衡；跑動(dòng)力學(xué)的時(shí)候，在很短時(shí)間內(nèi)，溫度就平衡了，但是后續(xù)還要做很長時(shí)間模擬，具體到底平衡沒有，還得自己根據(jù)結(jié)構(gòu)自己判斷。 |
7樓2013-04-19 11:19:13
yida
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9樓2015-01-13 18:33:41
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10樓2015-01-13 21:15:30
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