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求助大神,分子基礎薄弱 引物設計擴不出來!
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我的目的基因序列TTGGACAACGCCTTCCCCTTCGGGACATGCATCAACACGTCCGTCATCCAGAAGCCGGCCTTCCTCGACTTCTTCACCAACCACTTCGACTGGGCCGTCTTCGAGAACGAGCTCAAGTGGTACCACACGGAGGTGCAGCAGGGCCAGCTCAACTACGCCGACGCCGACGCGCTGCTCGCGTTCTGCGACCGCCTGGGCAAGACCGTCCGCGGCCACTGCGTCTTCTGGTCCGTGGACGGCGACGTGCAGCAGTGGGTCAAGAACCTCAACAAGGACCAGCTCAGGTCCGCCATGCAGAGCCGCCTCGAGGGCCTCGTCTCCCGCTACGCCGGCAGGTTCAAGCACTACGACGTCAACAACGAGATGCTGCACGGCCGCTTCTTCCGGGACCGCCTCGGCGACGAGGACGTCCCGGCGTACATGTTCAAGGAGGTGGCGCGGCTGGACCCGGAGCCCGTGCTCTTCGTCAACGACTACAACGTGGAGTGCGGCAACGACCCCAACGCGACGCCGGAGAAGTACGCCGAGCAGGTCGCATGGCTGCAGAGCTGCGGCGCGGTGGTGCGCGGCATCGGGCTGCAGGGCCACGTGCAAAACCCGGTCGGGGAGGTCATCTGCGCCGCGCTCGACAGGCTCGCCAAGACGGGGGTGCCCATCTGGTTCACCGAGCTCGACGTGCCGGAGTACGACGTGGGCCTCCGCGCCAAGGACCTGGAGGTGGTGCTCCGGGAGGCGTACGCGCACCCGGCCGTGGAGGGCATCGTGTTCTGGGGCTTCATGCAGGGCACAATGTGGCGCCAGAACGCTTGGCTCGTCGACGCCGATGGCACCGTCAACGAGGCGGGCCAGATGTTCCTGAATCTGCAGAAGGAGTGGAAG 設計的引物 F:5' AGACCG GAATTC CGGACC TTGGACAACGCCTTC 3' 酶切位點 EcoRI GC含量57.6% TM值70.1 R:5' ATT GCGGCCGC TTA TCA CTTCCACTCCTTCTGC 3' 酶切位點 NotI GC含量54.5% TM值68.7 前后引物均加酶切位點和保護堿基 嘗試過退火溫度58-64均沒有P出來目的條帶還嘗試過55度也沒有p出來 不知道是什么原因 求各位大神指點,小妹不勝感激! |
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設計的引物 F:5' AGACCG GAATTC CGGACC TTGGACAACGCCTTC 3' 酶切位點 EcoRI GC含量57.6% TM值70.1 R:5' ATT GCGGCCGC TTA TCA CTTCCACTCCTTCTGC 3' 酶切位點 NotI GC含量54.5% TM值68.7 你的引物設計的有問題 比如說R:5端 加酶切位點前后都加了保護堿基 ,而且你的保護堿基貌似也不對,有相應的表的,http://wenku.baidu.com/link?url= ... wp-DAwczvXc81arqjsy; 我感覺可以設計成這樣R:5- AAGGAAAAAAGCGGCCGC CTTCCACTCCTTCTGC 3-;同理F也一樣。 另外注意 (1)酶及其濃度; (2)模板(靶基因)核酸 模板核酸的量與純化程度,是PCR成敗與否的關鍵環(huán)節(jié)之一; |
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