【zhou2009個人文集】電子密度ρ和密度差Δρ
一、電子密度ρ:
上篇帖子《關(guān)于電子密度差Δρ》中,討論了Δρ的真實(shí)性問題。Δρ是從ρ相減而來的,那么ρ的真實(shí)性又如何呢?它計算的絕對值是準(zhǔn)確可以比較、可以相減的嗎?是可以應(yīng)用的嗎?
第一、我們知道,波(狀態(tài))函數(shù)和幾率,是作為量子力學(xué)第一個基本假設(shè)(公理)提出來的。
微觀體系的任何狀態(tài)可由坐標(biāo)波函數(shù)Ψ(q,t)來表示: Ψ(q,t)= Ψ(q1, q2,… qf, t)
幾率: dW(q,t)=Ψ*(q,t)Ψ(q,t)dτ 歸一性: W=∫Ψ*(q,t)Ψ(q,t)dτ=1
幾率密度: ρ(q,t)=Ψ*(q,t)Ψ(q,t)
具體到量子化學(xué),就有電子波函數(shù)Ψ和電子幾率密度ρ。
可見電子密度ρ是有來歷的,它競來自量子化學(xué)的根基。
當(dāng)然,作為基本假設(shè)(公理),它是不能直接推導(dǎo)證明的,它只能由進(jìn)一步的大量實(shí)驗(yàn)實(shí)踐來不斷檢驗(yàn)它的正確性、真實(shí)性。迄今為止,所有的實(shí)驗(yàn)實(shí)踐都證實(shí)這種假設(shè)是經(jīng)得起檢驗(yàn)的。
第二、在G03中,電子波函數(shù)Ψ是正交歸一的,電子幾率密度ρ乘以體積微元在全空間加和是歸一的。
在G03中,對電子波函數(shù)Ψ進(jìn)行計算可以得到的空間格點(diǎn)cube文件,將Ψ的每一個格點(diǎn)值平方,就得到空間電子幾率密度ρ的空間格點(diǎn)cube文件。ρ是每一個空間格點(diǎn)處出現(xiàn)電子的幾率密度的數(shù)值。
對于一個單電子Ψ的ρ來說,可將它所在的空間劃分成連續(xù)的體積微元,每個體積微元都會有一個密度值,將這每個密度值乘以它所在的體積微元,然后將它們在整個空間加和起來,就得到電子數(shù)為一,即歸一。其實(shí),說Ψ歸一的真正含義就是指ρ的這個歸一。如果是一個雙占的MO的ρ,這樣加和得到的電子數(shù)為二,即歸二。對于一個有電子數(shù)為N的分子或分子片,這樣加和得到的電子數(shù)為N,即歸N。
現(xiàn)在這種對電子密度ρ乘以體積微元在全空間加和的歸一或歸N的計算,在GsGrid程序中已經(jīng)是一種基本計算了。我們一旦輸入了ρ的cube文件,GsGrid就會自動進(jìn)行這種計算,得到歸一或歸N的結(jié)果。
在這里特別強(qiáng)調(diào)ρ乘以體積微元在全空間加和的歸一或歸N,是為了說明分別計算的ρ,它們之間是可以比較的,是可以作Δρ的。
第三、我們知道,電子作為微觀粒子,是有波粒二象性的。薛定諤方程中的波函數(shù)Ψ就是描寫電子作為波的運(yùn)動狀態(tài)的。玻恩提出ρ=Ψ*Ψ,ρ是在空間某一個體積微元發(fā)現(xiàn)電子的幾率密度。ρ=Ψ*Ψ天才地溝通了電子的波粒二象性:Ψ是波,ρ是粒子。當(dāng)然,現(xiàn)在似乎還沒有人這么直呼ρ是粒子的。
從一開始,歷來都只是說ρ是Ψ的物理意義。這個物理意義似乎是在說一種物理物質(zhì)的客觀存在。實(shí)際上,我們既然承認(rèn)了波粒二象性,Ψ自己就是有物理意義,它就是電子以波的形式存在(的描述)呀,電子波就是一種物理物質(zhì)的客觀存在。我們什么時候需要特別指明光子是光波的物理意義?
對于波粒二象性,我們只是在初學(xué)量子力學(xué)基礎(chǔ)時被動地勉強(qiáng)接受了它,可怎么也想不通。一具體進(jìn)入量子化學(xué),就再也不提波粒二象性了,滿眼只有波了,掛在口頭上的波粒二象性只是說給別人聽的。
事實(shí)也正是這樣的,從量子化學(xué)看,所有的化學(xué)過程(如化學(xué)反應(yīng))、化學(xué)存在(如各種化學(xué)鍵),都只是電子作為波的作用,不是作為粒子的電子在作用(如不是電子云在那里作用),這時它只表現(xiàn)出波這一方面。這就象光波一樣。波是可以疊加、互相干涉和衍射的。
作為粒子層面的電子云ρ,它只是電子波相互作用的結(jié)果,然后被經(jīng)驗(yàn)實(shí)驗(yàn)所感知的存在,人們在化學(xué)實(shí)驗(yàn)中直接感知的總是電子的粒子層面,如物理有機(jī)歷來都在那里總結(jié)電子結(jié)構(gòu)、各種電子效應(yīng)客觀存在的規(guī)律性。
而化學(xué)總是要回到經(jīng)驗(yàn)實(shí)驗(yàn)的。量子化學(xué)怎樣與經(jīng)驗(yàn)實(shí)驗(yàn)的化學(xué)結(jié)合呢?當(dāng)然首先要從電子波動的層面研究化學(xué),揭示化學(xué)本質(zhì)。其次還要注意走到電子的粒子層面,以便與物理有機(jī)等這樣的經(jīng)驗(yàn)歸納有共同的語言。不要僅是把ρ看成是Ψ的物理意義,然后又退回到Ψ城堡之中了,而是要把ρ看成是電子的粒子層面。這就有必要從波函數(shù)Ψ跨出一步走向ρ,承認(rèn)ρ、研究ρ、應(yīng)用ρ(如Δρ)。不要忽視ρ、排斥ρ。
從理論層次的高度來說,演繹而下的量子化學(xué)怎樣與歸納而上的經(jīng)驗(yàn)實(shí)驗(yàn)理論(如物理有機(jī))相結(jié)合呢?ρ=Ψ*Ψ就是它們的接口!
第四、從ρ自然就會想到電子云、想到電荷、凈電荷。
我在前帖《關(guān)于分子中原子電負(fù)性與電荷》討論過它們。
ρ從Ψ的平方而來,它也與Ψ一樣,是量子化學(xué)得到的原始、原生態(tài)數(shù)據(jù),它本身是有來歷、可信的。只是由于進(jìn)一步人為地處理、劃分、歸結(jié)不當(dāng),才造成凈電荷之類的失誤。這造成人們對凈電荷的不信任、不理會,從而也累及到ρ。
[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:26 ]
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在進(jìn)入這個標(biāo)題之前,需要指出的是:在cube或cubegen計算中,默認(rèn)density=scf,即采用凍結(jié)核近似,不計算內(nèi)層電子,如1s。如計算F原子,總電荷數(shù)給出的是8。

只有在指明fdensity=scf,才放棄凍結(jié)核近似,作包含全部電子的計算。這時計算F原子,總電荷數(shù)給出的是10。
對于我們考察ρ乃至Δρ,考察化學(xué)性質(zhì),只是所謂價電子在起作用、發(fā)生變化,內(nèi)層電子常是沒有什么變化的,不計算內(nèi)層電子并沒有什么原則性影響。即使計算了,在作Δρ時也因?yàn)棣严鄿p而將內(nèi)層電子的數(shù)值抵消掉,只保留變化大的價層電子。
1、從分子片密度ρ到它們組成分子后密度ρ,電子向鍵中間移動時的等值線的變化:
這種情形上篇帖子《關(guān)于電子密度差Δρ》中已經(jīng)用圖一加以說明了。
圖一是把“H2 density”圖改成紅色,以示區(qū)別,重疊在“H-1D+H-2D”圖上作成的,此即 “H-1D+H-2D+H2D”?梢钥吹紿2紅線是怎樣彌補(bǔ)了原子中間部分電子的相對稀缺,達(dá)到融合、均衡時的等值線的移動變化,成鍵雙方的電子往鍵中間、鍵軸濃集了。
2、從分子片密度ρ到它們組成分子后密度ρ,等值線另兩種變化:
當(dāng)?shù)戎稻起始值進(jìn)一步取小時,如取0.02,這樣就會在0.08之外,又多了3條足以說明問題的線:0.02、0.04、0.06。見圖二。此次,為了觀察方便, H-1沒有作取小值的改變,并將將H-2和H2的0.08更高的線在作圖時略去了。
在圖二H-2的右邊0.08之外,H2的0.02、0.04、0.06都向H-2收縮移動了。表明此處電子在減少。
而在圖一H-2的右邊0.08之內(nèi),H2的0.16、0.24都向離開H-2的方向擴(kuò)展移動了,還增加了一條0.32。表明此處電子在增加。
總的說來,H2的電子向鍵中間移動了、收縮了,這樣就造成二H外圍電子減少了,二H上剩余的電子也收縮了。二H的電負(fù)性增強(qiáng)了,或說所在的能級下降了。
實(shí)際上,說了這么多,一幅H2的Δρ(圖三)就鮮明、痛快地表達(dá)了電子的上述凈變化!
之所以說這么多,無非是想說明Δρ是怎樣由ρ相差而來的,表明了Δρ的可靠性、可信性。
注:H-1、H-2指左右兩個H原子,H2指氫分子。
[ Last edited by zhou2009 on 2009-12-17 at 22:55 ]
3、基組對由ρ到Δρ的影響:

下面的圖三,是使用gaussian 03量子化學(xué)程序,采用HF方法,6-311++G**基組計算出來的。
我們也許會想:對于H形成H2,不就是一個簡單的1s軌道嗎?何用如此大的基組?如果僅用STO-3G基組,作出的Δρ見圖四。
對照圖三、圖四,它們是有顯著差別的。圖四最大的差別莫過于二H上電子只有凈減少,完全沒有因?yàn)殡娮酉蜴I中間移動引起外圍電子減少、剩余電子向核方向收縮的合理信息,因?yàn)橹唤o了1s軌道,它無法作這種區(qū)分。6-311++G**基組用多個主量子數(shù)的s軌道,充分描述了這種變化。加上它的彌散、極化,更有利于彌合波形之間不吻合、填補(bǔ)波形之間存在的稀缺,向鍵軸方向濃集,從而形成平滑、溝通、均衡的MO。
我們自然也作了象圖一那樣的三圖疊加,這時圖四等值線的移動,當(dāng)然也只有內(nèi)移這一種,只能反映電子減少,不能反映剩余電子向核方向收縮這種存在。
這種對照,不是在告訴我們基組到底在作什么嗎?可見基組不僅僅是數(shù)學(xué)計算的需要,在基組線性組合分配系數(shù)時,也是在空間安排電子,是具有物理意義的。由于ρ要按原子電負(fù)性(由基組形成的)的大小分配電子、“ρ”要?dú)w一,相應(yīng)也制約著、主宰著MO中的系數(shù)分配。
對照圖三、圖四,它們的差別是這么一目了然!如果我們只去看成千上萬的數(shù)字,怎樣分析?又怎樣將這樣的差別用語言描繪、表達(dá)出來?現(xiàn)在,看圖識字,不用多講,可見在量化中使用圖形多么重要!
[ Last edited by zhou2009 on 2009-12-20 at 19:59 ]
GsGrid的新版1.6.3起,有了對三維空間cube計算ρ的歸一性和可用于Δρ正負(fù)值的分別計算。

1、GsGrid對于ρ與微元相乘在整個空間加和起來,對單電子波函數(shù)的ρ就得到電子數(shù)為一,即歸一。對有N個電子的分子或分子片則歸N。通過GsGrid計算,能接近歸一或歸N,說明此格點(diǎn)文件提供的信息能夠較完全、準(zhǔn)確地描述體系電子密度分布。
2、我們面對成千上萬的定量數(shù)據(jù)常常會感到茫然、不得要領(lǐng),需要將這些數(shù)據(jù)圖形化,以便于我們識別、應(yīng)用。不過有趣的是,一旦這些數(shù)據(jù)成為了圖形,定量的數(shù)據(jù)反而轉(zhuǎn)化成為定性的圖形了。
現(xiàn)在我們可以在GsGrid中,對成鍵前后的幾個ρ進(jìn)行三維空間格點(diǎn)相減,從而得到Δρ的cube新文件。再次進(jìn)入GsGrid,就會自動對Δρ的cube進(jìn)行三維空間格點(diǎn)體積微元中的電子的正值部分和負(fù)值部分分別進(jìn)行加和,這樣一來,Δρ不僅是一幅直觀的圖象,而且有了電子凈增(正值)、凈減(負(fù)值)的具體數(shù)值,又精確定量了。在更高的層次達(dá)到定量了,使分析電荷的變化更上了一層樓!
比如我們可以對上面H2的Δρ進(jìn)行計算,仍用HF/6-311++G**,加和結(jié)果的單位為電子e。
當(dāng)取通常計算所用的格點(diǎn):80^3,分子所在的空間為4^3埃時。
得到H2的加和結(jié)果為1.9881,H-1的加和結(jié)果為0.99236,H-2的加和結(jié)果為0.97962。
這樣得到Δρ的電荷在鍵中間的凈增加值為0.25,在二H電荷凈減少值共為0.235。
為了計算更準(zhǔn)確,加多格點(diǎn):200^3,加大分子所在的空間:8^3埃。
這樣得到H2的加和結(jié)果為1.999943,H-1的加和結(jié)果為0.999810,H-2的加和結(jié)果為0.999834。
得到Δρ的電荷在鍵中間的凈增加值為0.251229,在二H電荷凈減少值共為0.250936。
在二聚水中,電子發(fā)生了轉(zhuǎn)移,水-1的孤對電子凈減少了(虛線),電子跑到水-2的H—O那一邊了,這里是電子凈增加(實(shí)線),見圖五。
經(jīng)GsGrid對二聚水電子轉(zhuǎn)移Δρ進(jìn)行計算,轉(zhuǎn)移量為:水-1孤對電子處(凈減少)為-0.39139,水-2的H—O處電子凈增加為0.39128。
顯然,Δρ的正值與負(fù)值的絕對值應(yīng)是完全相等的。只是現(xiàn)在取的空間還不夠大,計算的空間不夠?qū)Φ,才有微小的差別。
然而,象上面單純的電子向鍵中間移動、單純的電子在原子之間轉(zhuǎn)移,畢竟是少數(shù),大量的情形是電負(fù)性不同的原子之間成鍵,同時伴隨著電子的中移和轉(zhuǎn)移,它們在Δρ中是重疊的。
在這種情況下,如何分別定量核算、區(qū)分中移和轉(zhuǎn)移電子,是一個新的挑戰(zhàn),是一個有趣的智力測驗(yàn),希望這是我以后帖子要寫的一個內(nèi)容吧。
[ Last edited by zhou2009 on 2009-12-25 at 08:56 ],
學(xué)習(xí)啦。納米盤鏈接好像不行
[ Last edited by robustljb on 2009-12-17 at 22:55 ]
好強(qiáng)大 學(xué)習(xí)了
感謝周專家的資源,學(xué)習(xí)了
磚家果然厲害