【求助成功】MS建立MCM-41模型后如何快速尋找連有3個(gè)羥基的硅原子
我利用MS中的無定形SiO2結(jié)構(gòu)創(chuàng)建了一個(gè)超晶胞后，在超晶胞中挖出MCM-41的孔徑，并在挖出的孔表面上補(bǔ)齊原子（就是加入氫氧原子），但是這樣會(huì)有一些硅原子上會(huì)連有三個(gè)羥基，這個(gè)與實(shí)際是不符合的，需要把這種連有3個(gè)羥基的硅原子去掉�，F(xiàn)在的問題就是想向各位大俠求教有沒有一種比較好的方法能夠快速篩選出這種連有三個(gè)羥基的硅原子。
[ Last edited by shiyiwenren on 2010-9-13 at 10:50 ]
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
怎么沒有高手提出解決方法的啊，是我表述的不清楚還是懸賞的金幣還太少啊？
弱弱的問一下，MS自帶的structure中哪些結(jié)構(gòu)算是無定形SiO2?不知如下理解是否正確？
1. zeolites 該目錄下的所有結(jié)構(gòu)都是無定形SiO2
2. metal-oxides 該目錄下的如下五種結(jié)構(gòu)是晶體狀的SiO2
(a) SiO2_cristobalite_high.msi
(b) SiO2_cristobalite_low.msi
(c) SiO2_quartz.msi
(d) SiO2_quartz_beta.msi
(e) SiO2_stishovite.msi
，
我使用的不是這兩個(gè)目錄下的SiO2結(jié)構(gòu)，而是在glasses下的SiO2_21A_3d。
是的，就是這個(gè)，得按照幾何規(guī)則，建好超晶胞，然后根據(jù)六邊形規(guī)則挖好孔，然后就是根據(jù)atom selection里面的radial distance,選擇好圓心，慢慢推進(jìn)，形成孔道。
謝謝二位的回答，長見識(shí)了 還想再接著問問，ms軟件中的無定形的SiO2結(jié)構(gòu)是如何拿到的？通過X衍射等實(shí)驗(yàn)手段還是某個(gè)做計(jì)算的前輩通過理論算法構(gòu)建的？重新核查了一下，發(fā)現(xiàn)zeolites目錄下也只是有部分結(jié)構(gòu)是o-si-o結(jié)構(gòu)的，好象以S開頭的都是這類化合物的結(jié)構(gòu)，想詳細(xì)了解一下structure中結(jié)構(gòu)的具體含意，ms的online help文檔中是否有說明？search了一下沒發(fā)現(xiàn)有，有人知道嗎？
感覺其他的都是晶體類型的沸石一樣的。。。
此貼已經(jīng)解決，就是EDIT->下面FIND PATTERN 然后畫出一個(gè)SI與三個(gè)OH的連接體，然后，在里面尋找就是了。