【求助成功】MS建立MCM-41模型后如何快速尋找連有3個(gè)羥基的硅原子
我利用MS中的無(wú)定形SiO2結(jié)構(gòu)創(chuàng)建了一個(gè)超晶胞后，在超晶胞中挖出MCM-41的孔徑，并在挖出的孔表面上補(bǔ)齊原子（就是加入氫氧原子），但是這樣會(huì)有一些硅原子上會(huì)連有三個(gè)羥基，這個(gè)與實(shí)際是不符合的，需要把這種連有3個(gè)羥基的硅原子去掉�，F(xiàn)在的問(wèn)題就是想向各位大俠求教有沒(méi)有一種比較好的方法能夠快速篩選出這種連有三個(gè)羥基的硅原子。
[ Last edited by shiyiwenren on 2010-9-13 at 10:50 ]
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
是這樣的，我已經(jīng)試過(guò)了，用這種方法可以找出連有3個(gè)-OH的SI，但是在尋找時(shí)有可能會(huì)給出的一種基團(tuán)是一個(gè)晶胞中并不是連著3個(gè)-OH的，在將這個(gè)晶胞擴(kuò)大后可以看到原來(lái)另外的一部分是剛好連在另一個(gè)重復(fù)晶胞中的，這種應(yīng)該也要?jiǎng)h去的吧
只知道補(bǔ)齊氫原子，補(bǔ)齊羥基或是別的基團(tuán)怎么補(bǔ)，有什么快捷有效的辦法��？
這個(gè)得編程的，使用讀入文件，然后改寫(xiě)源文件。。。
請(qǐng)問(wèn)你是對(duì)哪個(gè)文件進(jìn)行修改呀？是xsd文件嗎？用UltraEdit打開(kāi)xsd文件看了一下，內(nèi)部結(jié)構(gòu)還是很復(fù)雜的,AtomisticTreeRoot下面還有很多子內(nèi)容，感覺(jué)修改起來(lái)難度還是很大的，呵呵。你是用什么程序來(lái)編程的，需要修改哪一部分內(nèi)容？能否給個(gè)簡(jiǎn)單的例子，我偶們大家也長(zhǎng)長(zhǎng)見(jiàn)識(shí)呀？我做的東西，想把部分Si原上加上-OMe基團(tuán)，能行嗎？
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<?xml version="1.0" encoding="latin1"?>
<!DOCTYPE XSD []>
<XSD Version="4.3">
<AtomisticTreeRoot ID="1" NumProperties="52" NumChildren="1" Name="SiO2_21A_3d" UserID="58">
...
...
，
可以的，你得把原來(lái)的MCM-41保存為pdb格式，然后使用vexcel分列的辦法，去除一些雜亂的因素，然后就是自己寫(xiě)程序讀入文件，隨機(jī)的插入O和C，這個(gè)位置可以使用隨機(jī)數(shù)發(fā)生子程序來(lái)做，只要距離與原來(lái)的在SI-O鍵長(zhǎng)以?xún)?nèi)就可以了，然后就是運(yùn)行程序，再把pdb文件恢復(fù)成MS格式，你看到那些原子就插入了，然后到MS里面加H就可以了，讀文件的話(huà)，F(xiàn)ORTRAN編譯器，C編譯器，MATLAB都可以的。。。