【請(qǐng)教】弱弱地問下關(guān)于氫鍵表？已經(jīng)解決
我做了個(gè)有機(jī)單晶，PLATON計(jì)算出來的氫鍵表信息如下：
:: CPU-time: 0.6 (Total: 0.4)
Donor --- H....Acceptor [ ARU ] D - H H...A D...A D - H...A
C(11) --H(11) ..O(1) [ ] 0.98 2.38 2.740(4) 101
C(11) --H(11) ..N(3) [ ] 0.98 2.38 2.968(4) 118
C(17) --H(17) ..N(2) [ ] 0.93 2.51 2.854(6) 102
C(18) --H(18B) ..O(2) [ ] 0.97 2.35 2.707(6) 101
C(22) --H(22) ..O(2) [ 3575.01] 0.93 2.52 3.429(9) 166
:: No Classic Hydrogen Bonds Found
:: CPU-time: 0.2 (Total: 0.6)
有些疑問：
1.從氫鍵表中能看出具體那個(gè)是分子間氫鍵還是分子內(nèi)氫鍵嗎？（難道是結(jié)合晶體圖中看出嗎？還是光憑這個(gè)表就能看出那個(gè)是分子間還是分子內(nèi)氫鍵？）
2.具體看那個(gè)值在多少范圍呢才算作是氫鍵呢？
3.上述列的是否全是氫鍵呢？本人寫SCI文章用，希望準(zhǔn)確些，希望高手們解答，可再加金幣
[ Last edited by baiyuefei on 2011-3-8 at 07:46 ]
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
C-H 的氫鍵用htab 2 計(jì)算，好像不能在lst中列出來！只能是一個(gè)一個(gè)找，比如C11，你用envi 找到合適的氫鍵受體原子（你這里PLATON已經(jīng)計(jì)算出來了），然后在INS中加上htab C11 O1，然后精修！
如果有對(duì)稱操作，在INS中加上 :
EQIV $1 ....
HTAB A1 B1_$1
然后精修！在lst中就會(huì)產(chǎn)生C-H氫鍵表！
PS：氫鍵距離一般小于3.2，但是C-H距離有時(shí)候也會(huì)大些（比如，這里C22-O2距離為3.429，platon也認(rèn)為有氫鍵存在）
以上內(nèi)容不全是權(quán)威論著，有些只是小弟個(gè)人的理解，歡迎指正！
有些疑問：
1.從氫鍵表中能看出,前4個(gè)為分子內(nèi)氫鍵， 最后一個(gè)為分子間氫鍵
2.如前位所說，氫鍵一般小于3.2，但是C-H距離有時(shí)候也會(huì)大些
3.我認(rèn)為都是，寫文章可以用的
內(nèi)容已刪除
那您n能告訴我下，那個(gè)是比較強(qiáng)的氫鍵，那個(gè)是弱的氫鍵呢？具體的得看那些值呢？
氫鍵強(qiáng)弱看距離，除了距離3.4那個(gè)，都算是強(qiáng)氫鍵！
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看了一下角度！好像就這兩個(gè)還合適！
C(22) --H(22) ..O(2) [ 3575.01] 0.93 2.52 3.429(9) 166
C(11) --H(11) ..N(3) [ ] 0.98 2.38 2.968(4) 118
做法就是我第一次回帖那樣
，