baiyuefei

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[交流] 【請教】弱弱地問下關于氫鍵表？已經(jīng)解決

我做了個有機單晶，PLATON計算出來的氫鍵表信息如下：
:: CPU-time:    0.6 (Total:    0.4)

Donor --- H....Acceptor [ ARU  ]    D - H    H...A    D...A  D - H...A

C(11) --H(11)  ..O(1) [       ]    0.98    2.38 2.740(4)       101
C(11) --H(11)  ..N(3) [       ]    0.98    2.38 2.968(4)       118
C(17) --H(17)  ..N(2) [       ]    0.93    2.51 2.854(6)       102
C(18) --H(18B) ..O(2) [       ]    0.97    2.35 2.707(6)       101
C(22) --H(22)  ..O(2) [  3575.01]    0.93    2.52 3.429(9)       166

:: No Classic Hydrogen Bonds Found

:: CPU-time:    0.2 (Total:    0.6)

有些疑問：
1.從氫鍵表中能看出具體那個是分子間氫鍵還是分子內(nèi)氫鍵嗎？（難道是結合晶體圖中看出嗎？還是光憑這個表就能看出那個是分子間還是分子內(nèi)氫鍵？）
2.具體看那個值在多少范圍呢才算作是氫鍵呢？
3.上述列的是否全是氫鍵呢？本人寫SCI文章用，希望準確些，希望高手們解答，可再加金幣

[ Last edited by baiyuefei on 2011-3-8 at 07:46 ]

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1樓 2011-03-06 10:57:19

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~

baiyuefei(金幣+20): 又是高手您啊，呵呵，非常感謝你。 2011-03-07 07:44:45

C-H 的氫鍵用htab 2 計算，好像不能在lst中列出來！只能是一個一個找，比如C11，你用envi 找到合適的氫鍵受體原子（你這里PLATON已經(jīng)計算出來了），然后在INS中加上htab C11 O1，然后精修！
如果有對稱操作，在INS中加上 :
   EQIV $1 ....
   HTAB A1 B1_$1
然后精修！在lst中就會產(chǎn)生C-H氫鍵表！
PS：氫鍵距離一般小于3.2，但是C-H距離有時候也會大些（比如，這里C22-O2距離為3.429，platon也認為有氫鍵存在）
   以上內(nèi)容不全是權威論著，有些只是小弟個人的理解，歡迎指正！

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2樓2011-03-06 11:25:44

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baiyuefei(金幣+20): 非常感謝你。 2011-03-07 07:44:04

有些疑問：
1.從氫鍵表中能看出,前4個為分子內(nèi)氫鍵，最后一個為分子間氫鍵
2.如前位所說，氫鍵一般小于3.2，但是C-H距離有時候也會大些
3.我認為都是，寫文章可以用的

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3樓2011-03-06 20:28:17

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4樓2011-03-07 07:50:06

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Originally posted by 縹色玉柔情 at 2011-03-06 20:28:17:
有些疑問：
1.從氫鍵表中能看出,前4個為分子內(nèi)氫鍵，最后一個為分子間氫鍵
2.如前位所說，氫鍵一般小于3.2，但是C-H距離有時候也會大些
3.我認為都是，寫文章可以用的

那您n能告訴我下，那個是比較強的氫鍵，那個是弱的氫鍵呢？具體的得看那些值呢？

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5樓2011-03-07 07:52:19

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Originally posted by baiyuefei at 2011-03-07 07:52:19:
那您n能告訴我下，那個是比較強的氫鍵，那個是弱的氫鍵呢？具體的得看那些值呢？

氫鍵強弱看距離，除了距離3.4那個，都算是強氫鍵！

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6樓2011-03-07 07:58:28

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7樓2011-03-07 08:45:42

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baiyuefei(金幣+20): 2011-03-07 10:07:16
baiyuefei(金幣+50): 無以為報，只能給您金幣了，非常感謝你高手，偶像呵呵 2011-03-07 12:18:30

引用回帖:

Originally posted by baiyuefei at 2011-03-07 08:45:42:
朋友我想問下你，我光用platon計算出來的這個表，發(fā)文章，可以嗎？（想發(fā)JMS）
還有就是我看文獻上氫鍵表都是有坐標的，什么XYZ等，我是不是應該也寫上啊，可我找不到對應的坐標啊，我該怎么找呢？

下面這個 ...

看了一下角度！好像就這兩個還合適！
C(22) --H(22) ..O(2) [ 3575.01] 0.93 2.52 3.429(9) 166
C(11) --H(11) ..N(3) [ ] 0.98 2.38 2.968(4) 118
做法就是我第一次回帖那樣！

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8樓2011-03-07 09:54:43

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引用回帖:

Originally posted by 454106649 at 2011-03-07 09:54:43:
看了一下角度！好像就這兩個還合適！
C(22) --H(22) ..O(2) [ 3575.01] 0.93 2.52 3.429(9) 166
C(11) --H(11) ..N(3) [ ] 0.98 2.38 2.968(4) 11 ...

我給你您發(fā)過去了朋友，您第一次方法說的我也不會做，非本專業(yè)，難啊，看不明白。麻煩您了

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9樓2011-03-07 10:06:22

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你好，我想問您下：π-π堆積不需要給出具體值吧或作出表吧？
我在文章上就寫有π-π堆積作用，這種堆積作用可以在堆積圖上看出。這么寫行嗎？

問得粗淺了些，還望高手指教下小弟。

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10樓2011-03-07 13:03:57

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★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流

堆積圖上畫出就可以，文中給出面間距離等！

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11樓2011-03-07 13:17:11

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Originally posted by 454106649 at 2011-03-07 07:58:28:
氫鍵強弱看距離，除了距離3.4那個，都算是強氫鍵！

朋友你好，類似的問題，你還能幫我看一下嗎非常感謝你了http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2930911

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12樓2011-03-08 07:58:17

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