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baiyuefei

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[交流] 【請(qǐng)教】弱弱地問(wèn)下關(guān)于氫鍵表？已經(jīng)解決

我做了個(gè)有機(jī)單晶，PLATON計(jì)算出來(lái)的氫鍵表信息如下：
:: CPU-time:    0.6 (Total:    0.4)

Donor --- H....Acceptor [ ARU  ]    D - H    H...A    D...A  D - H...A

C(11) --H(11)  ..O(1) [       ]    0.98    2.38 2.740(4)       101
C(11) --H(11)  ..N(3) [       ]    0.98    2.38 2.968(4)       118
C(17) --H(17)  ..N(2) [       ]    0.93    2.51 2.854(6)       102
C(18) --H(18B) ..O(2) [       ]    0.97    2.35 2.707(6)       101
C(22) --H(22)  ..O(2) [  3575.01]    0.93    2.52 3.429(9)       166

:: No Classic Hydrogen Bonds Found

:: CPU-time:    0.2 (Total:    0.6)

有些疑問(wèn)：
1.從氫鍵表中能看出具體那個(gè)是分子間氫鍵還是分子內(nèi)氫鍵嗎？（難道是結(jié)合晶體圖中看出嗎？還是光憑這個(gè)表就能看出那個(gè)是分子間還是分子內(nèi)氫鍵？）
2.具體看那個(gè)值在多少范圍呢才算作是氫鍵呢？
3.上述列的是否全是氫鍵呢？本人寫SCI文章用，希望準(zhǔn)確些，希望高手們解答，可再加金幣

[ Last edited by baiyuefei on 2011-3-8 at 07:46 ]

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1樓 2011-03-06 10:57:19

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baiyuefei(金幣+20): 非常感謝你。 2011-03-07 07:44:04

有些疑問(wèn)：
1.從氫鍵表中能看出,前4個(gè)為分子內(nèi)氫鍵，最后一個(gè)為分子間氫鍵
2.如前位所說(shuō)，氫鍵一般小于3.2，但是C-H距離有時(shí)候也會(huì)大些
3.我認(rèn)為都是，寫文章可以用的

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3樓2011-03-06 20:28:17

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~

baiyuefei(金幣+20): 又是高手您啊，呵呵，非常感謝你。 2011-03-07 07:44:45

C-H 的氫鍵用htab 2 計(jì)算，好像不能在lst中列出來(lái)！只能是一個(gè)一個(gè)找，比如C11，你用envi 找到合適的氫鍵受體原子（你這里PLATON已經(jīng)計(jì)算出來(lái)了），然后在INS中加上htab C11 O1，然后精修！
如果有對(duì)稱操作，在INS中加上 :
   EQIV $1 ....
   HTAB A1 B1_$1
然后精修！在lst中就會(huì)產(chǎn)生C-H氫鍵表！
PS：氫鍵距離一般小于3.2，但是C-H距離有時(shí)候也會(huì)大些（比如，這里C22-O2距離為3.429，platon也認(rèn)為有氫鍵存在）
   以上內(nèi)容不全是權(quán)威論著，有些只是小弟個(gè)人的理解，歡迎指正！

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2樓2011-03-06 11:25:44

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引用回帖:

Originally posted by 縹色玉柔情 at 2011-03-06 20:28:17:
有些疑問(wèn)：
1.從氫鍵表中能看出,前4個(gè)為分子內(nèi)氫鍵，最后一個(gè)為分子間氫鍵
2.如前位所說(shuō)，氫鍵一般小于3.2，但是C-H距離有時(shí)候也會(huì)大些
3.我認(rèn)為都是，寫文章可以用的

那您n能告訴我下，那個(gè)是比較強(qiáng)的氫鍵，那個(gè)是弱的氫鍵呢？具體的得看那些值呢？

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5樓2011-03-07 07:52:19

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引用回帖:

Originally posted by baiyuefei at 2011-03-07 07:52:19:
那您n能告訴我下，那個(gè)是比較強(qiáng)的氫鍵，那個(gè)是弱的氫鍵呢？具體的得看那些值呢？

氫鍵強(qiáng)弱看距離，除了距離3.4那個(gè)，都算是強(qiáng)氫鍵！

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6樓2011-03-07 07:58:28

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