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baiyuefei版主 (文學(xué)泰斗)
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[交流]
【請(qǐng)教】弱弱地問下關(guān)于氫鍵表？已經(jīng)解決
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我做了個(gè)有機(jī)單晶，PLATON計(jì)算出來(lái)的氫鍵表信息如下： :: CPU-time: 0.6 (Total: 0.4) Donor --- H....Acceptor [ ARU ] D - H H...A D...A D - H...A C(11) --H(11) ..O(1) [ ] 0.98 2.38 2.740(4) 101 C(11) --H(11) ..N(3) [ ] 0.98 2.38 2.968(4) 118 C(17) --H(17) ..N(2) [ ] 0.93 2.51 2.854(6) 102 C(18) --H(18B) ..O(2) [ ] 0.97 2.35 2.707(6) 101 C(22) --H(22) ..O(2) [ 3575.01] 0.93 2.52 3.429(9) 166 :: No Classic Hydrogen Bonds Found :: CPU-time: 0.2 (Total: 0.6) 有些疑問： 1.從氫鍵表中能看出具體那個(gè)是分子間氫鍵還是分子內(nèi)氫鍵嗎？（難道是結(jié)合晶體圖中看出嗎？還是光憑這個(gè)表就能看出那個(gè)是分子間還是分子內(nèi)氫鍵？） 2.具體看那個(gè)值在多少范圍呢才算作是氫鍵呢？ 3.上述列的是否全是氫鍵呢？本人寫SCI文章用，希望準(zhǔn)確些，希望高手們解答，可再加金幣  [ Last edited by baiyuefei on 2011-3-8 at 07:46 ] |
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9樓2011-03-07 10:06:22
~
baiyuefei(金幣+20): 又是高手您啊，呵呵，非常感謝你。 2011-03-07 07:44:45
|
C-H 的氫鍵用htab 2 計(jì)算，好像不能在lst中列出來(lái)！只能是一個(gè)一個(gè)找，比如C11，你用envi 找到合適的氫鍵受體原子（你這里PLATON已經(jīng)計(jì)算出來(lái)了），然后在INS中加上htab C11 O1，然后精修！ 如果有對(duì)稱操作，在INS中加上 : EQIV $1 .... HTAB A1 B1_$1 然后精修！在lst中就會(huì)產(chǎn)生C-H氫鍵表！ PS：氫鍵距離一般小于3.2，但是C-H距離有時(shí)候也會(huì)大些（比如，這里C22-O2距離為3.429，platon也認(rèn)為有氫鍵存在） 以上內(nèi)容不全是權(quán)威論著，有些只是小弟個(gè)人的理解，歡迎指正！ |
2樓2011-03-06 11:25:44
3樓2011-03-06 20:28:17
baiyuefei
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