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MEGA構建系統(tǒng)進化樹的步驟
MEGA 是一個非常優(yōu)秀的序列比對和系統(tǒng)進化樹構建軟件，使用方便，完全免費，可從其網站下載， 最新版本是4.0。下面是用MEGA構建系統(tǒng)進化樹的簡明操作流程（具體細節(jié)請參考相關MEGA教程及使用說明）：
1. 將要用于構建系統(tǒng)進化樹的所有序列合并到同一個fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。
2. 打開MEGA軟件，選擇”Alignment” – “Alignment Explorer/CLUSTAL”，在對話框中選擇Retrieve sequences from a file, 然后點OK，找到準備好的序列文件并打開。
3. 在打開的窗口中選擇”Alignment”-“Align by ClustalX” 進行對齊，對齊過程需要一段時間，對齊完成后，最好將序列兩端切齊，選擇兩端不齊的部分，單擊右鍵，選擇delete即可。
4. 關閉當前窗口，關閉的時候會提示兩次否保存，第一次無所謂，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。根據(jù)提示輸入Title，然后會出現(xiàn)一個對話框詢問是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根據(jù)情況選擇Yes或No。最后出現(xiàn)一個對話框詢問是否打開，選擇Yes。
5. 回到MEGA主窗口，在菜單欄中選擇”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打開一個窗口，里面有很多參數(shù)可以設置，如何設置這些參數(shù)請參考詳細的MEGA說明書，不會設置就暫且使用默認值，不要修改，點擊下面的Compute按鈕，系統(tǒng)進化樹就畫出來了。
6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以對生成的系統(tǒng)進化樹進行調整和美化。另外，還可以用Word進一步編輯MEGA構建的進化樹。
一般說來，MEGA適用于對少量的序列進行比對和畫Tree，如需處理大量或海量的序列數(shù)據(jù)，建議使用ARB。
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