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甜甜的89木蟲 (小有名氣)
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測(cè)序之后如何構(gòu)建進(jìn)化樹?
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| 測(cè)序完成后,都需要用哪些軟件構(gòu)建進(jìn)化樹,要詳細(xì)過(guò)程 |
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煉獄之火
至尊木蟲 (知名作家)
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甜甜的89: 金幣+50, 博學(xué)EPI+1, ★★★★★最佳答案 2014-06-24 11:44:47
甜甜的89: 金幣+50, 博學(xué)EPI+1, ★★★★★最佳答案 2014-06-24 11:44:47
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MEGA構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹的步驟 MEGA 是一個(gè)非常優(yōu)秀的序列比對(duì)和系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建軟件，使用方便，完全免費(fèi)，可從其網(wǎng)站下載， 最新版本是4.0。下面是用MEGA構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹的簡(jiǎn)明操作流程（具體細(xì)節(jié)請(qǐng)參考相關(guān)MEGA教程及使用說(shuō)明）： 1. 將要用于構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹的所有序列合并到同一個(gè)fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致 ( 5’-3’)。 2. 打開MEGA軟件，選擇”Alignment” – “Alignment Explorer/CLUSTAL”，在對(duì)話框中選擇Retrieve sequences from a file, 然后點(diǎn)OK，找到準(zhǔn)備好的序列文件并打開。 3. 在打開的窗口中選擇”Alignment”-“Align by ClustalX” 進(jìn)行對(duì)齊，對(duì)齊過(guò)程需要一段時(shí)間，對(duì)齊完成后，最好將序列兩端切齊，選擇兩端不齊的部分，單擊右鍵，選擇delete即可。 4. 關(guān)閉當(dāng)前窗口，關(guān)閉的時(shí)候會(huì)提示兩次否保存，第一次無(wú)所謂，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。根據(jù)提示輸入Title，然后會(huì)出現(xiàn)一個(gè)對(duì)話框詢問(wèn)是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根據(jù)情況選擇Yes或No。最后出現(xiàn)一個(gè)對(duì)話框詢問(wèn)是否打開，選擇Yes。 5. 回到MEGA主窗口，在菜單欄中選擇”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打開一個(gè)窗口，里面有很多參數(shù)可以設(shè)置，如何設(shè)置這些參數(shù)請(qǐng)參考詳細(xì)的MEGA說(shuō)明書，不會(huì)設(shè)置就暫且使用默認(rèn)值，不要修改，點(diǎn)擊下面的Compute按鈕，系統(tǒng)進(jìn)化樹就畫出來(lái)了。 6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以對(duì)生成的系統(tǒng)進(jìn)化樹進(jìn)行調(diào)整和美化。另外，還可以用Word進(jìn)一步編輯MEGA構(gòu)建的進(jìn)化樹。 一般說(shuō)來(lái)，MEGA適用于對(duì)少量的序列進(jìn)行比對(duì)和畫Tree，如需處理大量或海量的序列數(shù)據(jù)，建議使用ARB。 如轉(zhuǎn)載，請(qǐng)以超鏈接形式注明：轉(zhuǎn)載自有個(gè)博客 [ https://www.yelinsky.com/blog/ ] 本文鏈接地址：https://www.yelinsky.com/blog/archives/282.html |
3樓2014-04-01 11:23:34
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2樓2014-04-01 09:45:49
wolfghost
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4樓2014-06-05 15:42:45
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