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【原創(chuàng)】mega建樹方法
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進(jìn)化樹的建立過程 1， 通過測序后，在NCBI中進(jìn)行BLAST比對，看和哪個屬中的種最近，從而確定進(jìn)化樹中需比較的菌種，然后可以在權(quán)威的International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology雜志中看最近是否有你要建樹的菌的圖，從而更捷徑的得到典型的建樹對比菌株(一般上標(biāo)為T) 2， 打開MEGA 4在Alignment→Query Databanks→ 在空格處添加建樹對比菌的登入號，然后直接點(diǎn)擊上頭的Add to Alignment 3 添加完對比的后，將自己測序菌株序列導(dǎo)入 如果拿回來后的序列是文本文檔，就需要將它轉(zhuǎn)化成fasta格式，其實也就是在文本文檔上頭加個“>”號就可以，但是序列字母必須是大寫的，如果是小寫的，可以在DNAman中轉(zhuǎn)化成大寫的(或者在EditSeq中的先全選擇序列后在edit的reverse case中轉(zhuǎn)變，后如下操作)，并且需每列中的數(shù)字去掉，保存為fasta格式后， 在MEGA的Edit→insert sequences to file將保存的fasta文件導(dǎo)入MEMA中，如果導(dǎo)入的序列是互補(bǔ)鏈的話，直接在添加的里面，點(diǎn)擊導(dǎo)入鏈，右擊后點(diǎn)擊互補(bǔ)就行，選中所有的序列后，在Alignment選項中選中Align by clustalw讓其自動分析后，在Date選項中輸出格式選擇為MEGA格式保存 4 再一次啟動軟件將上一步保存的文件打開，然后在 如上圖操作就可以得出進(jìn)化樹，然后在上面直接修改 希望大家給予評價，謝謝 [ Last edited by 天鳥 on 2011-4-7 at 11:36 ] |
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