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gwfs521木蟲 (小有名氣)
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[求助]
我有很多測序的結果，請問怎么建樹？？ 已有1人參與
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我有幾個點不明白所以一直弄不好： 1。我的序列結果怎么用clustalX2.1打不開？結果是seq后綴和a'b1后綴的（圖1）。 2.是把這些序列都要粘貼到1個記事本里嗎？ 3.如果是粘到1個記事本里，我點do complete Alingment后出現(xiàn)圖2（前面）和圖3（后面的），要掐頭去尾，應該去掉那里？比如圖2的，是要去掉最前面的一列還是把后面只要沒有對齊的都去掉到第六列嗎，還有中間也有空的，影響嗎？圖3是后面的，同上怎么去掉尾部？》 圖1.png 圖2.jpg 圖3.jpg |
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gwfs521: 金幣+1, ★有幫助, 謝謝 2013-02-06 22:07:59
感謝參與，應助指數(shù) +1
gwfs521: 金幣+1, ★有幫助, 謝謝 2013-02-06 22:07:59
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1. it seems that .seq and .ab1 are the file formats specific to your sequencing instrument. The general practice is to have fasta format which is >header1 sequence1 >header2 sequence2 fasta format is widely accepted format. 2. removal of the gaps It is really a personal call, depending on the fact how the gap exists. In your case, the beginning and trailing gaps are more likely caused by the sequencing, which has no evolutionary importance. Then it is suggested to remove them. Sometimes if it contains the primer sequence, better to remove them as well. Like the gap at around position 30 (base A against -) could be caused by the evolution, you really should keep it. |
3樓2013-02-01 20:36:27
plantvirus
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