 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2111 | 回復(fù): 7 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
gwfs521木蟲 (小有名氣)
|
[求助]
我有很多測序的結(jié)果，請問怎么建樹？？ 已有1人參與
|
|
|
我有幾個點不明白所以一直弄不好： 1。我的序列結(jié)果怎么用clustalX2.1打不開？結(jié)果是seq后綴和a'b1后綴的（圖1）。 2.是把這些序列都要粘貼到1個記事本里嗎？ 3.如果是粘到1個記事本里，我點do complete Alingment后出現(xiàn)圖2（前面）和圖3（后面的），要掐頭去尾，應(yīng)該去掉那里？比如圖2的，是要去掉最前面的一列還是把后面只要沒有對齊的都去掉到第六列嗎，還有中間也有空的，影響嗎？圖3是后面的，同上怎么去掉尾部？》 圖1.png 圖2.jpg 圖3.jpg |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境總分308求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
302求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
306求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料學(xué)學(xué)碩080502 337求調(diào)劑-一志愿華中科技大學(xué)
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
313求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
南昌大學(xué)材料專碩311分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
316求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
346求調(diào)劑[0856]
已經(jīng)有7人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 霉菌18SrDNA鑒定，構(gòu)建發(fā)育樹的問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 細(xì)菌種屬的鑒定（系統(tǒng)發(fā)育樹）--急用
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 如何選擇blast的結(jié)果來建樹
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 測序結(jié)果比對問題
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 微生物多樣性研究的幾個問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【分享】reasonspare生物答疑專貼>>>>你提問題，我來答。
已經(jīng)有48人回復(fù)
餓的神啊
新蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 5982.7
- 散金: 122
- 帖子: 1004
- 在線: 66.3小時
- 蟲號: 2477988
- 注冊: 2013-05-23
- 性別: MM
- 專業(yè): 植物病理學(xué)
7樓2015-06-30 11:08:30
rommel1941
鐵桿木蟲 (正式寫手)
情定山河
- 應(yīng)助: 52 (初中生)
- 金幣: 8144.7
- 散金: 269
- 紅花: 6
- 帖子: 694
- 在線: 110.8小時
- 蟲號: 67197
- 注冊: 2005-05-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 分子與進(jìn)化生態(tài)學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gwfs521: 金幣+3, ★★★★★最佳答案, 謝謝，基本明白了 2013-02-06 22:07:36
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gwfs521: 金幣+3, ★★★★★最佳答案, 謝謝，基本明白了 2013-02-06 22:07:36
|
1.Clustal最好還是打開文本文件，不能直接開測序結(jié)果。 2.一般比對后，選擇最短的為基準(zhǔn)。保證全部分析的數(shù)據(jù)要長度一致，有個別的gap到?jīng)]什么。 3.讀取和比對只是第一步，建議你沒條序列看上它3遍，防止測序中有錯讀的或是有雜合、背景干擾等。 4.讀取和比對是最基礎(chǔ)的一步，此后要看你的研究內(nèi)容來建樹。有很多種方法和軟件可供選擇。 駐好！ |
2樓2013-02-01 16:01:50
wizardfan
至尊木蟲 (著名寫手)
- BioEPI: 18
- 應(yīng)助: 599 (博士)
- 貴賓: 1.818
- 金幣: 24632.2
- 散金: 197
- 紅花: 48
- 沙發(fā): 2
- 帖子: 2254
- 在線: 400.7小時
- 蟲號: 1879241
- 注冊: 2012-07-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gwfs521: 金幣+1, ★有幫助, 謝謝 2013-02-06 22:07:59
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gwfs521: 金幣+1, ★有幫助, 謝謝 2013-02-06 22:07:59
|
1. it seems that .seq and .ab1 are the file formats specific to your sequencing instrument. The general practice is to have fasta format which is >header1 sequence1 >header2 sequence2 fasta format is widely accepted format. 2. removal of the gaps It is really a personal call, depending on the fact how the gap exists. In your case, the beginning and trailing gaps are more likely caused by the sequencing, which has no evolutionary importance. Then it is suggested to remove them. Sometimes if it contains the primer sequence, better to remove them as well. Like the gap at around position 30 (base A against -) could be caused by the evolution, you really should keep it. |
3樓2013-02-01 20:36:27
plantvirus
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 2069.8
- 散金: 1317
- 紅花: 4
- 帖子: 435
- 在線: 92.8小時
- 蟲號: 1134507
- 注冊: 2010-10-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 植物病理學(xué)
4樓2013-02-02 14:05:12
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 313求調(diào)劑 +3 | 肆叁貳壹22 2026-03-19 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 346求調(diào)劑[0856] +4 | WayneLim327 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 324分 085600材料化工求調(diào)劑 +4 | llllkkkhh 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿華南師大 070300（化學(xué)）304分求調(diào)劑 +3 | 0703武芊慧雪304 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境專碩，總分308求調(diào)劑 +3 | 墨墨漠 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +7 | 司空. 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑求學(xué)校推薦 +3 | 伯樂29 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
 295復(fù)試調(diào)劑
+8
|
簡木ChuFront 2026-03-19 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 260求調(diào)劑 +3 | 朱芷琳 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 353求調(diào)劑 +3 | 拉鉤不許變 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +7 | 困于星晨 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[論文投稿]
申請回稿延期一個月，編輯同意了。但系統(tǒng)上的時間沒變，給編輯又寫郵件了，沒回復(fù)
 10+3
|
wangf9518 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 320求調(diào)劑0856
+3
|
不想起名字112 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考博] 申博26年 +3 | 八6八68 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑，一志愿華南理工大學(xué)071005 +5 | ioodiiij 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 收復(fù)試調(diào)劑生 +4 | 雨后秋荷 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
0854，計算機類招收調(diào)劑
+3
|
胡辣湯放糖 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +4 | 是Lupa啊 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 中科院材料273求調(diào)劑 +4 | yzydy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +6 | 拾光任染 2026-03-15 | 11/550 |
|