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gwfs521木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
我有很多測(cè)序的結(jié)果，請(qǐng)問(wèn)怎么建樹(shù)？？ 已有1人參與
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我有幾個(gè)點(diǎn)不明白所以一直弄不好： 1。我的序列結(jié)果怎么用clustalX2.1打不開(kāi)？結(jié)果是seq后綴和a'b1后綴的（圖1）。 2.是把這些序列都要粘貼到1個(gè)記事本里嗎？ 3.如果是粘到1個(gè)記事本里，我點(diǎn)do complete Alingment后出現(xiàn)圖2（前面）和圖3（后面的），要掐頭去尾，應(yīng)該去掉那里？比如圖2的，是要去掉最前面的一列還是把后面只要沒(méi)有對(duì)齊的都去掉到第六列嗎，還有中間也有空的，影響嗎？圖3是后面的，同上怎么去掉尾部？》 圖1.png 圖2.jpg 圖3.jpg |
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4樓2013-02-02 14:05:12
rommel1941
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gwfs521: 金幣+3, ★★★★★最佳答案, 謝謝，基本明白了 2013-02-06 22:07:36
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1.Clustal最好還是打開(kāi)文本文件，不能直接開(kāi)測(cè)序結(jié)果。 2.一般比對(duì)后，選擇最短的為基準(zhǔn)。保證全部分析的數(shù)據(jù)要長(zhǎng)度一致，有個(gè)別的gap到?jīng)]什么。 3.讀取和比對(duì)只是第一步，建議你沒(méi)條序列看上它3遍，防止測(cè)序中有錯(cuò)讀的或是有雜合、背景干擾等。 4.讀取和比對(duì)是最基礎(chǔ)的一步，此后要看你的研究?jī)?nèi)容來(lái)建樹(shù)。有很多種方法和軟件可供選擇。 駐好！ |
2樓2013-02-01 16:01:50
wizardfan
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【答案】應(yīng)助回帖
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gwfs521: 金幣+1, ★有幫助, 謝謝 2013-02-06 22:07:59
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1. it seems that .seq and .ab1 are the file formats specific to your sequencing instrument. The general practice is to have fasta format which is >header1 sequence1 >header2 sequence2 fasta format is widely accepted format. 2. removal of the gaps It is really a personal call, depending on the fact how the gap exists. In your case, the beginning and trailing gaps are more likely caused by the sequencing, which has no evolutionary importance. Then it is suggested to remove them. Sometimes if it contains the primer sequence, better to remove them as well. Like the gap at around position 30 (base A against -) could be caused by the evolution, you really should keep it. |
3樓2013-02-01 20:36:27
gwfs521
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6樓2013-02-06 22:03:19
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