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tuobaohua榮譽(yù)版主 (文壇精英)
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[交流]
菌株16S rDNA同源性分析方法��！ 已有4人參與
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此部分緊接著幾天前整理出的測序結(jié)果的處理方法之后，有興趣的可做參考！ （2）序列同源性比較方法： 1，打開網(wǎng)頁http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi; 2，在網(wǎng)頁的中間部分有個(gè)“Basic BLAST”，其下有一個(gè)選項(xiàng)“nucleotide blast”; 3，點(diǎn)開“nucleotide blast”，出現(xiàn)一個(gè)空白框，上面有一行字“Enter accession number(s),gi(s),or FASTA sequence(s)”，將你的序列復(fù)制到這個(gè)空白框中； 4，其他的都不變，不必添加什么。注意網(wǎng)頁中間部分有個(gè)Database，選中“Others (nr etc.)”; 5，點(diǎn)擊網(wǎng)頁下部的“BLAST”按鈕，等待數(shù)十秒鐘（不要急，多等一會(huì)哈�。。钡骄W(wǎng)頁中出現(xiàn)一個(gè)很大的表格； 6，這個(gè)表格就是和你的細(xì)菌的16S rDNA序列相似性很高的序列。 Accession:去掉后面的“.1”就是可以查序列的GenBank登錄號了； Description:對菌株的描述； 7，把那個(gè)表格拖過去，會(huì)有很長很長一段對每個(gè)相似度較高序列的說明，其中在各個(gè)序列的前段部分會(huì)有以下幾個(gè)數(shù)值： Score：提交的序列和搜索出的序列之間的分值，越高說明越相似； Expect：比對的期望值，比對越好，expect越小。一般在核酸層次的比對，expect值小于1e-10時(shí)，就算比對很好了，多數(shù)情況下為0； Identities：提交的序列好參比序列的相似性； Gaps：空位，指對不上位的堿基數(shù)目； Strand：鏈的方向，Plus/Minus意味著提交的序列和參比序列是反向互補(bǔ)的；Plus/Plus意味著二者是皆為正向； 8，這樣就可以從那個(gè)表格中挑選出一些有代表性的菌株，拷貝其16S rDNA序列，用于進(jìn)一步的系統(tǒng)發(fā)育樹分析； [ Last edited by tuobaohua on 2011-7-26 at 11:52 ] |
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王巧鳳
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