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mahoumeimei金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
進(jìn)化樹(shù)及序列上傳相關(guān)問(wèn)題
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向各位咨詢兩個(gè)問(wèn)題： 1.畫(huà)進(jìn)化樹(shù)時(shí)，我下載的序列如果跟我的序列不一樣長(zhǎng)，是不是需要額外的處理，將它們剪成相同的長(zhǎng)度？如果是，一般用的什么軟件呢？ 2.序列上傳到數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)，是所有的序列都要上傳，還是需要去掉這些序列中相同的序列？比如，我一共拿到40條序列，但是這中間有十幾條是很相近的，基本可以認(rèn)為是一樣的，那么是不是在這十幾條中，我只需要上傳一條就行了？如果相同的序列就可以不用上傳，那么，認(rèn)為兩條序列相同的標(biāo)準(zhǔn)是什么？它們之間的比對(duì)超過(guò)幾個(gè)堿基不一樣就認(rèn)為是不同的了呢？ 期待各位的回復(fù)�。�！萬(wàn)分感謝�。。� |
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【答案】應(yīng)助回帖
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小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)應(yīng)助 2012-09-19 14:57:30
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1. 不需要裁剪，軟件自動(dòng)分析匹配度，比如MEGA 4或5 2. 對(duì)于很相似的序列，自己能確定來(lái)源是否相同嗎？來(lái)源相同的傳一個(gè)就行了吧，來(lái)源不同的話就都傳上去。如果不明白，直接發(fā)信詢問(wèn)基因庫(kù)的人，他們?cè)谶@方面的經(jīng)驗(yàn)豐富，這種情況應(yīng)該也遇到過(guò)，Genebank上就有同一單位上傳的相似的序列。 |
2樓2012-09-19 01:35:04
mahoumeimei
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3樓2012-09-19 08:43:24
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【答案】應(yīng)助回帖
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小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-09-20 15:25:40
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1. 其實(shí)我也就做了那一次實(shí)驗(yàn)。我覺(jué)得長(zhǎng)度也是序列差異性的一種，要是把序列裁剪了，豈不是認(rèn)為地減少了差異性？如果幾千KB的序列和幾百KB的序列比對(duì)的話，可能會(huì)需要裁剪，這個(gè)我就不太清楚了，， 2. 你的文章需要引用多少序列你就上傳多少個(gè)序列。一開(kāi)始為何測(cè)序那么多個(gè)呢？需要多少序列說(shuō)明你的研究問(wèn)題呢？這個(gè)搞清楚了再有目的性地提交序列 |
4樓2012-09-19 15:41:49
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謝謝回復(fù)！ 1.長(zhǎng)度確實(shí)是序列差異性的一種，但是不應(yīng)該影響進(jìn)化分析，所以如果因?yàn)殚L(zhǎng)度問(wèn)題而產(chǎn)生所謂的“長(zhǎng)度吸引"（之前看到的一個(gè)名詞），那就不太好了。 2.我是想測(cè)序足夠多的量，然后看都是些什么菌，種類(lèi)及比例是怎樣的。好像貌似是可以事先做下酶切什么的，就避免測(cè)這么多了是吧？不過(guò)已經(jīng)這樣了。在文章里，我是想這么講，我們一共做了40個(gè)克隆，其中20個(gè)和某某菌非常相近，剩下的20個(gè)又分別和某某菌相近。這樣的話還是需要上傳40條嗎？ |
5樓2012-09-19 16:07:19
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7樓2012-09-19 22:01:02
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8樓2012-09-20 08:20:21
【答案】應(yīng)助回帖
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mahoumeimei: 金幣+3 2012-09-20 19:46:24
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mahoumeimei: 金幣+3 2012-09-20 19:46:24
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首先，上傳序列到NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)是全部序列都上傳。 其次，構(gòu)建系統(tǒng)樹(shù)，由于序列長(zhǎng)短不一，軟件進(jìn)行比對(duì)后兩端會(huì)出現(xiàn)很長(zhǎng)的不一致末端，這都可以通過(guò)軟件進(jìn)行刪減。不用提前進(jìn)行特殊處理。 mega軟件是構(gòu)建系統(tǒng)樹(shù)的常用軟件，用這個(gè)軟件建樹(shù)很方便。論壇里有這個(gè)軟件和軟件的使用說(shuō)明，你可以參考。 |
9樓2012-09-20 09:36:56
mahoumeimei
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