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mahoumeimei金蟲 (小有名氣)
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[求助]
進(jìn)化樹及序列上傳相關(guān)問題
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向各位咨詢兩個(gè)問題： 1.畫進(jìn)化樹時(shí)，我下載的序列如果跟我的序列不一樣長(zhǎng)，是不是需要額外的處理，將它們剪成相同的長(zhǎng)度？如果是，一般用的什么軟件呢？ 2.序列上傳到數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)，是所有的序列都要上傳，還是需要去掉這些序列中相同的序列？比如，我一共拿到40條序列，但是這中間有十幾條是很相近的，基本可以認(rèn)為是一樣的，那么是不是在這十幾條中，我只需要上傳一條就行了？如果相同的序列就可以不用上傳，那么，認(rèn)為兩條序列相同的標(biāo)準(zhǔn)是什么？它們之間的比對(duì)超過幾個(gè)堿基不一樣就認(rèn)為是不同的了呢？ 期待各位的回復(fù)�。�！萬分感謝�。。� |
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【答案】應(yīng)助回帖
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mahoumeimei: 金幣+3 2012-09-20 19:46:24
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首先，上傳序列到NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)是全部序列都上傳。 其次，構(gòu)建系統(tǒng)樹，由于序列長(zhǎng)短不一，軟件進(jìn)行比對(duì)后兩端會(huì)出現(xiàn)很長(zhǎng)的不一致末端，這都可以通過軟件進(jìn)行刪減。不用提前進(jìn)行特殊處理。 mega軟件是構(gòu)建系統(tǒng)樹的常用軟件，用這個(gè)軟件建樹很方便。論壇里有這個(gè)軟件和軟件的使用說明，你可以參考。 |
9樓2012-09-20 09:36:56
redbull2011
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【答案】應(yīng)助回帖
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1. 不需要裁剪，軟件自動(dòng)分析匹配度，比如MEGA 4或5 2. 對(duì)于很相似的序列，自己能確定來源是否相同嗎？來源相同的傳一個(gè)就行了吧，來源不同的話就都傳上去。如果不明白，直接發(fā)信詢問基因庫(kù)的人，他們?cè)谶@方面的經(jīng)驗(yàn)豐富，這種情況應(yīng)該也遇到過，Genebank上就有同一單位上傳的相似的序列。 |
2樓2012-09-19 01:35:04
mahoumeimei
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3樓2012-09-19 08:43:24
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4樓2012-09-19 15:41:49
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