 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2050 | 回復(fù): 9 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿(mǎn)足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
mahoumeimei金蟲(chóng) (小有名氣)
|
[求助]
進(jìn)化樹(shù)及序列上傳相關(guān)問(wèn)題
|
|
|
向各位咨詢(xún)兩個(gè)問(wèn)題： 1.畫(huà)進(jìn)化樹(shù)時(shí)，我下載的序列如果跟我的序列不一樣長(zhǎng)，是不是需要額外的處理，將它們剪成相同的長(zhǎng)度？如果是，一般用的什么軟件呢？ 2.序列上傳到數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)，是所有的序列都要上傳，還是需要去掉這些序列中相同的序列？比如，我一共拿到40條序列，但是這中間有十幾條是很相近的，基本可以認(rèn)為是一樣的，那么是不是在這十幾條中，我只需要上傳一條就行了？如果相同的序列就可以不用上傳，那么，認(rèn)為兩條序列相同的標(biāo)準(zhǔn)是什么？它們之間的比對(duì)超過(guò)幾個(gè)堿基不一樣就認(rèn)為是不同的了呢？ 期待各位的回復(fù)�。�！萬(wàn)分感謝！�。� |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測(cè)：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有220人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測(cè)重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專(zhuān)業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
留學(xué)--博士招生
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
化學(xué)工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
邵陽(yáng)學(xué)院食品與化學(xué)工程學(xué)院碩士調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)過(guò)程中，我如何把我的菌的序列 和我 選擇同源的序列 編輯在一起進(jìn)行比對(duì)？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 進(jìn)化樹(shù)N-J法模型選擇
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 發(fā)現(xiàn)了beta actin作為內(nèi)參的一個(gè)漏洞
已經(jīng)有25人回復(fù)
- ncbi上傳序列的公開(kāi)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 蛋白進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建的序列選擇原則
已經(jīng)有6人回復(fù)
- Heeelp: Mega4建進(jìn)化樹(shù)，用的是核酸推導(dǎo)出的氨基酸序列,有兩選項(xiàng)不知道如何選
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助/交流】構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)前序列的處理問(wèn)題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助/交流】如何向NCBI上傳蛋白質(zhì)序列
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助/交流】求關(guān)于序列上傳到GENBANK的相關(guān)問(wèn)題
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助/交流】如果發(fā)現(xiàn)上傳NCBI序列有問(wèn)題 要如何申請(qǐng)撤銷(xiāo)或修改
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助/交流】如何讀懂進(jìn)化樹(shù)
已經(jīng)有21人回復(fù)
mahoumeimei
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 736.6
- 紅花: 1
- 帖子: 205
- 在線: 124.5小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1258265
- 注冊(cè): 2011-04-07
- 性別: MM
- 專(zhuān)業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)
3樓2012-09-19 08:43:24
redbull2011
捐助貴賓 (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 328.5
- 散金: 2000
- 紅花: 8
- 帖子: 356
- 在線: 238小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1202178
- 注冊(cè): 2011-02-12
- 專(zhuān)業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
mahoumeimei: 金幣+5, ★有幫助 2012-09-19 08:40:51
小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)應(yīng)助 2012-09-19 14:57:30
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
mahoumeimei: 金幣+5, ★有幫助 2012-09-19 08:40:51
小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)應(yīng)助 2012-09-19 14:57:30
|
1. 不需要裁剪，軟件自動(dòng)分析匹配度，比如MEGA 4或5 2. 對(duì)于很相似的序列，自己能確定來(lái)源是否相同嗎？來(lái)源相同的傳一個(gè)就行了吧，來(lái)源不同的話就都傳上去。如果不明白，直接發(fā)信詢(xún)問(wèn)基因庫(kù)的人，他們?cè)谶@方面的經(jīng)驗(yàn)豐富，這種情況應(yīng)該也遇到過(guò)，Genebank上就有同一單位上傳的相似的序列。 |
2樓2012-09-19 01:35:04
redbull2011
捐助貴賓 (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 328.5
- 散金: 2000
- 紅花: 8
- 帖子: 356
- 在線: 238小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1202178
- 注冊(cè): 2011-02-12
- 專(zhuān)業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-09-20 15:25:40
小丹木木: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2012-09-20 15:25:40
|
1. 其實(shí)我也就做了那一次實(shí)驗(yàn)。我覺(jué)得長(zhǎng)度也是序列差異性的一種，要是把序列裁剪了，豈不是認(rèn)為地減少了差異性？如果幾千KB的序列和幾百KB的序列比對(duì)的話，可能會(huì)需要裁剪，這個(gè)我就不太清楚了，， 2. 你的文章需要引用多少序列你就上傳多少個(gè)序列。一開(kāi)始為何測(cè)序那么多個(gè)呢？需要多少序列說(shuō)明你的研究問(wèn)題呢？這個(gè)搞清楚了再有目的性地提交序列 |
4樓2012-09-19 15:41:49
mahoumeimei
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 736.6
- 紅花: 1
- 帖子: 205
- 在線: 124.5小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1258265
- 注冊(cè): 2011-04-07
- 性別: MM
- 專(zhuān)業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)
|
謝謝回復(fù)！ 1.長(zhǎng)度確實(shí)是序列差異性的一種，但是不應(yīng)該影響進(jìn)化分析，所以如果因?yàn)殚L(zhǎng)度問(wèn)題而產(chǎn)生所謂的“長(zhǎng)度吸引"（之前看到的一個(gè)名詞），那就不太好了。 2.我是想測(cè)序足夠多的量，然后看都是些什么菌，種類(lèi)及比例是怎樣的。好像貌似是可以事先做下酶切什么的，就避免測(cè)這么多了是吧？不過(guò)已經(jīng)這樣了。在文章里，我是想這么講，我們一共做了40個(gè)克隆，其中20個(gè)和某某菌非常相近，剩下的20個(gè)又分別和某某菌相近。這樣的話還是需要上傳40條嗎？ |
5樓2012-09-19 16:07:19
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 南京大學(xué)化學(xué)調(diào)劑 +10 | 景隨風(fēng) 2026-03-29 | 15/750 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | QiMing7 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料科學(xué)與工程求調(diào)劑 +6 | 深V宿舍吧 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 08工科求調(diào)劑286 +3 | tgs_001 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
[考研] 環(huán)境工程 085701，267求調(diào)劑 +6 | minht 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 340求調(diào)劑 +6 | Amber00 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 305求調(diào)劑 +8 | RuiFairyrui 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 初試270分 求調(diào)劑 +8 | 谷雨上岸 2026-03-23 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 數(shù)一英一271專(zhuān)碩（085401）求調(diào)劑，可跨 +7 | 前行必有光 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿太原理工安全工程300分，求調(diào)劑 +5 | 0857求調(diào)劑. 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 本科新能源科學(xué)與工程，一志愿華理能動(dòng)285求調(diào)劑 +3 | AZMK 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿上海理工能源動(dòng)力（085800）310分求調(diào)劑 +3 | zhangmingc 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +11 | 陽(yáng)陽(yáng)哇塞 2026-03-27 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 一志愿南師大0703化學(xué) 275求調(diào)劑 +4 | Ripcord上岸 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑323材料與化工 +7 | 1124361 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 284求調(diào)劑 +11 | junqihahaha 2026-03-26 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +3 | 丹青奶蓋 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)339材料與化工求調(diào)劑 +3 | 江往賣(mài)魚(yú) 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 344求調(diào)劑 +3 | desto 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +4 | LHHL66 2026-03-23 | 4/200 |
|