大家好！我是博士新手，之前沒(méi)有做過(guò)分子生物，碩士做過(guò)最深的就是DGGE。本科又是化學(xué)師范專業(yè)，生物分子基礎(chǔ)幾乎沒(méi)有。現(xiàn)在要研究一個(gè)目的基因在兩個(gè)品種之間的表達(dá)差異。需要對(duì)植物內(nèi)的這個(gè)基因進(jìn)行cDNA全長(zhǎng)克隆。
目前有目的基因的一段轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果，打算用Clontech的SMARTer RACE試劑盒。試劑盒說(shuō)明書看了，也在網(wǎng)頁(yè)上搜了一些資料，但GSP引物怎么設(shè)計(jì)還是一頭霧水。  不知道轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果中的基因堿基序列的順序就是按照5'到3'的順序來(lái)排的嗎？
之前通過(guò)自己努力，做了熒光定量PCR，用Primer 5.0 軟件設(shè)計(jì)跨內(nèi)含子引物成功了！但這個(gè)GSP引物設(shè)計(jì)是真的做不來(lái)�。。�！絕望中。。。。。
希望做過(guò)的大牛提供幫助。
PS：轉(zhuǎn)錄組序列我已經(jīng)在NCBI上進(jìn)行過(guò)比對(duì)，找到了相似基因，99%相似度。相似基因大約1Kb對(duì)點(diǎn)。附件為試劑盒說(shuō)明書。

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