PCR后電泳條帶亮暗差異明顯
大家好,
想請教個(gè)問題,我根據(jù)某個(gè)物種的重測序結(jié)果,想篩選引物,以篩選某個(gè)性狀。比如,兩個(gè)果實(shí)甜澀的性狀,目前篩到了某個(gè)引物,在甜味果實(shí)中應(yīng)該有這段序列,在澀味果實(shí)中,該序列理論上應(yīng)該是沒有的。。
現(xiàn)在出現(xiàn)的問題是,我用這個(gè)引物PCR后,跑瓊脂糖電泳發(fā)現(xiàn),甜味果實(shí)DNA的PCR條帶很亮,而澀味果實(shí)DNA的PCR條帶也是有的,但是很暗很暗,兩個(gè)條帶的亮暗差異很明顯。我做了多個(gè)重復(fù),即提了多個(gè)DNA,結(jié)果都是甜味果實(shí)PCR條帶很亮,澀味果實(shí)PCR條帶特別暗。
問題如下,
1, 我提的DNA濃度什么的基本是差不多的,可是為什么一個(gè)條帶很暗一個(gè)條帶很亮呢。。
2, 理論上應(yīng)該一個(gè)條帶有,另一個(gè)沒有條帶。目前發(fā)現(xiàn)一個(gè)條帶很暗一個(gè)條帶很亮。既然都有條帶,那這是不是說明,這個(gè)引物效果不好,不能用于篩選這個(gè)甜澀性狀?
3,如果DNA濃度差不多,但是電泳條帶一個(gè)亮,一個(gè)暗,可以不可以說,亮條帶的那個(gè)果實(shí)的該基因表達(dá)量高,暗條帶的那個(gè)果實(shí)的該基因表達(dá)量低?
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號
有沒有空白對照,就是不加基因組的,看看暗的條帶是不是背景值。條帶亮,可能意味著拷貝數(shù)多,暗為基因拷貝數(shù)低。由于有假基因存在的可能性?梢园褩l帶擴(kuò)增這一段對照基因組,來找甜和澀的差異。
你說到“可以把條帶擴(kuò)增這一段對照基因組,來找甜和澀的差異。"
意思是,把兩個(gè)PCR的條帶進(jìn)行測序,然后跟基因組比較,看差異嗎
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做陰性對照看下是不是也有暗的條帶,有的話要么引物不行,要么試劑污染了,全換了重做一次,如果還是有暗的條帶,重新設(shè)計(jì)引物,或者亮的和暗的條帶測序看下是不是你要的序列。