堿裂解后內源性核酸酶會降解質粒嗎？
質粒穩(wěn)定性相關文獻中提到“The usual procedure to avoid pDNA degradation by endogenous bacterial nucleases is to go ahead promptly with alkaline lysis”,《分子克隆》中介紹堿裂解法時也提到“從細胞中釋放DNA，去除與DNA結合的蛋白質并快速使胞內核酸酶失活”。
以上資料都認為，堿裂解后需要避免內源性核酸酶對質粒的降解。而我的問題是，大腸桿菌中的質粒DNA不是會被甲基化修飾從而避免被內源性核酸酶降解嗎？因此，裂解后應該并不需要擔心質粒被內源性核酸酶降解啊，而且如果質粒會被內源性核酸酶降解，那么裂解之前在大腸桿菌體內豈不早就被降解光了么？
十分期待各位蟲友的指導解惑，謝謝！
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請研究endonuclease和restriction enzyme之間的差別
1.一般咱用的大腸桿菌(比如DH5a)是經過改造的，其內部核酸酶活性都比較低。
2.正常情況下大腸桿菌中的內源核酸酶也是在降解質粒的，但是降解的速度較慢，也遠趕不上質粒復制擴增的速度。裂解以后核酸酶被釋放出來更容易降解質粒。
3.甲基化修飾確實可以影響某些核酸酶，但是不是所有的都會受其影響，
一般不會，堿裂解法的氫氧化鈉會把各種蛋白變性，導致DNA酶失活。但RNA比較強悍，還會有些活性。溶解DNA的TE和溶液一里還有EDTA，也可以防止微量DNA酶的活性。