如何判斷小分子化合物阻礙了兩個(gè)蛋白的結(jié)合？
生物新手，諸多不懂，請(qǐng)多包涵~~
目前已知A（跨膜蛋白）和B(分泌酶)結(jié)合，A是B復(fù)合物的一部分，A 可以調(diào)節(jié)B的活性，現(xiàn)在我篩選到一個(gè)小分子化合物，體外驗(yàn)證了該化合物能夠阻礙A和B的結(jié)合，請(qǐng)問下一步該怎么做呢？
1.已知A和B的作用位點(diǎn)是B上的BS1區(qū)域，如果最終目的是想要確定該小分子化合物是存在潛在藥物活性的小分子，我應(yīng)該怎么去驗(yàn)證啊？細(xì)胞內(nèi)和小鼠模型中？
2.還需要對(duì)A蛋白進(jìn)行基因敲除確定A上的哪一部分與小分子作用阻止了A與B的結(jié)合么?
3.基因敲除和基因突變?cè)诠δ茯?yàn)證上有什么區(qū)別么？
有懂得多的大佬可以幫我全部回答，有只能回答一部分問題的也可以回答，我都會(huì)給金幣�。。。�！
謝謝各位兄弟姐妹的幫助~~在線等，挺急的
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既然你已經(jīng)體外驗(yàn)證出來小分子會(huì)抑制A-B相互作用了，體內(nèi)實(shí)驗(yàn)就不用糾結(jié)這一點(diǎn)了。
接下來可以驗(yàn)證小分子會(huì)影響A-B相互結(jié)合所導(dǎo)致的下游信號(hào)通路或基因表達(dá)的變化。在敲除A或B的細(xì)胞里，小分子不會(huì)影響這些下游信號(hào)通路或基因表達(dá)，進(jìn)而證明小分子是依賴于A或B發(fā)揮作用的。
另外如果一個(gè)小分子可以抑制A和B的相互作用，大多數(shù)情況是不會(huì)既和A結(jié)合也和B結(jié)合的。你可以進(jìn)一步研究小分子是和A結(jié)合，還是和B結(jié)合。
非常感謝，因?yàn)锳和B的結(jié)合作用文獻(xiàn)中已經(jīng)有報(bào)道，A調(diào)節(jié)B的活性引起B(yǎng)去剪切某個(gè)蛋白產(chǎn)生活性，那么下游信號(hào)通路或者基因表達(dá)變化還需要驗(yàn)證么
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"A調(diào)節(jié)B的活性引起B(yǎng)去剪切某個(gè)蛋白產(chǎn)生活性"：那你就看看加了小分子以后，蛋白的剪切是不是被抑制了。剪切激活了某一種蛋白也必然帶來下游通路的變化，剪切被抑制了就逆轉(zhuǎn)了這一變化。