小白求教回復(fù)審稿人關(guān)于Gene Ontology方法的問(wèn)題
投稿BMC，由于對(duì)Gene Ontology富集分析不太了解，所以不知該怎么回復(fù)審稿人才好？
其中一位審稿人提出
Question 2: The enrichment analysis is unclear, in particular as regards the GO classification. What are the used method and thresholds? Please clarify. Also as regards TF analysis, It is unclear if the classification and the difference among the samples are supported by an enrichment analysis. This must be clarified because in the absence of a statistical validation it is evident that the whole discussion is weak.
富集分析尚不清楚，尤其是在GO分類方面。使用的方法和閾值是什么？請(qǐng)澄清。此外，關(guān)于TF分析，還不清楚樣品之間的分類和差異是否得到富集分析的支持。這一點(diǎn)必須澄清，因?yàn)樵谌狈y(tǒng)計(jì)驗(yàn)證的情況下，整個(gè)討論顯然是薄弱的。
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
把你做富集分析的參數(shù)，怎么排序的告訴他就行了。
你文章里對(duì)轉(zhuǎn)錄因子做富集分析了嗎？聽(tīng)起來(lái)好像是審稿人要你對(duì)TF或者TF的靶基因做一個(gè)富集分析。不知道你文章里是怎么寫的所以難以判斷審稿人具體是什么意思。
另外，GSEA用的數(shù)學(xué)方法請(qǐng)閱讀這篇PNAS：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1239896/
非常感謝您的指點(diǎn)。我的這篇文章對(duì)差異基因做了富集分析，但沒(méi)有對(duì)差異轉(zhuǎn)錄因子做富集分析。其實(shí)這個(gè)富集分析是找了相關(guān)公司合作的，所以對(duì)這個(gè)不是特別了解。現(xiàn)在比較為難就是不知道該怎么具體回答這個(gè)問(wèn)題。還有3天就是deadline了，挺著急的
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