植物基因敲低表達(dá)，用CRISPR還是用RNAi？
最近想要做植物內(nèi)某個(gè)基因的沉默，一直糾結(jié)于用Crispr，還是用傳統(tǒng)的RNAi技術(shù)，我的目的想要看該基因敲低后的相關(guān)生理狀態(tài)，并不一定非要敲除，擔(dān)心徹底敲除某個(gè)基因會(huì)引起其他生理反應(yīng)，而不是我預(yù)期的生理現(xiàn)象。因此，想求教各位大神，這兩個(gè)技術(shù)手段的優(yōu)缺點(diǎn)，針對(duì)我的實(shí)驗(yàn)?zāi)康模袥]有大神可以給點(diǎn)建議？謝謝！
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
基于你的描述和研究目的，建議還是做RNAi吧。通常來(lái)說(shuō)，RNAi是降低基因的表達(dá)量，即knock-down，但不會(huì)完全使基因功能喪失（多數(shù)情況下），而CRISPR介導(dǎo)的基因敲除（knock-out），顧名思義，通過(guò)在基因編碼區(qū)引入堿基缺失或插入，造成移碼突變或提前終止翻譯等，可以實(shí)現(xiàn)將基因功能完成喪失。
還想請(qǐng)教一下，基于目前所有關(guān)于敲低與敲除的實(shí)驗(yàn)，感覺用CRISPR的比較多，而RNAi逐漸變少了，是因?yàn)镽NAi的技術(shù)存在某種問(wèn)題？還是說(shuō)大家都朝著新技術(shù)CRISPR發(fā)展？我覺得徹底敲除可能會(huì)造成生理功能的其他連鎖變化。因?yàn)橛行┗驅(qū)τ诎l(fā)育還是挺重要的，直接敲除，可能除了它本身的功能，也連帶會(huì)出現(xiàn)別的生理變化，這種并不能說(shuō)明連帶的功能就是這個(gè)基因本身的功能。我覺得別人肯定也有考慮到這個(gè)問(wèn)題，但是為什么大家還選擇CRISPR呢？因?yàn)槲覍?duì)這個(gè)技術(shù)不是很了解，所以有哪些原因是我沒想到的，求指教！謝謝�。。�
大家還選擇CRISPR進(jìn)行基因功能研究，，最主要的還是該技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)基因敲除，更確定地是突變體材料的定制，理論上可以實(shí)現(xiàn)任意位點(diǎn)的核苷酸序列的改變（編輯），比如特定的編碼區(qū)、結(jié)構(gòu)域、順勢(shì)作用元件、內(nèi)含子等。其次，CRISPR技術(shù)獲得材料最后是可以不含外源T-DNA的，意味著在生產(chǎn)上應(yīng)用的潛力加大，同時(shí)更重要的是可以在此基礎(chǔ)上再次進(jìn)行其他基因的敲除，實(shí)現(xiàn)多基因敲除（當(dāng)合理設(shè)計(jì)攜帶多個(gè)sgRNA也能輕易地進(jìn)行多基因敲除）。由于CRIPSR的高特異性，對(duì)于相似度極高的同源基因也能很好地實(shí)現(xiàn)靶基因的敲除。
選擇CRISPR還是RNAi，關(guān)鍵取決于各自的試驗(yàn)內(nèi)容及目的吧，畢竟這倆只是單純的技術(shù)而已，各有有缺，合理使用即可。
你之前有相關(guān)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)表明該基因敲除對(duì)發(fā)育有嚴(yán)重影響嗎？
還沒開始做那么深層研究，只是查了一下相關(guān)文獻(xiàn)，是開花相關(guān)的基因，因?yàn)檫@個(gè)基因主要功能負(fù)責(zé)開花，如果敲除了，我擔(dān)心的是除了能夠看到后續(xù)開花的功能被影響了，也可能會(huì)因?yàn)殚_花缺失導(dǎo)致植物碳流分配的問(wèn)題，這樣牽一發(fā)動(dòng)全身。因?yàn)槲抑皇窍肟撮_花過(guò)程中，該基因在負(fù)責(zé)的那部分功能，因?yàn)殚_花這個(gè)生理過(guò)程是被多基因調(diào)控的，而不是開花的缺失對(duì)植物的影響。所以我一直在糾結(jié)，主要想敲低該基因功能，但是又不影響植物生存，又能看到該基因?qū)﹂_花的過(guò)程的影響。
因?yàn)閷?duì)這兩個(gè)技術(shù)只是聽聞過(guò)，也查過(guò)資料，我不清楚為什么大家都拋棄了RNAi，而選擇了CRISPR，是否RNAi存在某種技術(shù)缺點(diǎn)，而被停用，還是CRISPR有某些更優(yōu)勢(shì)的能力，因?yàn)橛幸恍┘夹g(shù)層面的東西沒有寫在文章里，所以想請(qǐng)教請(qǐng)教專業(yè)的人，幫忙解惑
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還沒開始做那么深層研究，只是查了一下相關(guān)文獻(xiàn)，是開花相關(guān)的基因，因?yàn)檫@個(gè)基因主要功能負(fù)責(zé)開花，如果敲除了，我擔(dān)心的是除了能夠看到后續(xù)開花的功能被影響了，也可能會(huì)因?yàn)殚_花缺失導(dǎo)致植物碳流分配的問(wèn)題，這樣牽一發(fā)動(dòng)全身。因?yàn)槲抑皇窍肟撮_花過(guò)程中，該基因在負(fù)責(zé)的那部分功能，因?yàn)殚_花這個(gè)生理過(guò)程是被多基因調(diào)控的，而不是開花的缺失對(duì)植物的影響。所以我一直在糾結(jié)，主要想敲低該基因功能，但是又不影響植物生存，又能看到該基因?qū)﹂_花的過(guò)程的影響。
因?yàn)閷?duì)這兩個(gè)技術(shù)只是聽聞過(guò)，也查過(guò)資料，我不清楚為什么大家都拋棄了RNAi，而選擇了CRISPR，是否RNAi存在某種技術(shù)缺點(diǎn)，而被停用，還是CRISPR有某些更優(yōu)勢(shì)的能力，因?yàn)橛幸恍┘夹g(shù)層面的東西沒有寫在文章里，所以想請(qǐng)教請(qǐng)教專業(yè)的人，幫忙解惑。
CRISPR！現(xiàn)在的雜志影響因子>5的哪個(gè)還要RNAi，20年CRISPR入選了諾貝爾獎(jiǎng)，更凸顯優(yōu)勢(shì)，若是選擇RNAi審稿人80%的幾率會(huì)讓你用成熟的CRISPR技術(shù)做敲除，建議兩手準(zhǔn)備
還有想問(wèn)問(wèn)，CRISPR對(duì)于多倍體的植物來(lái)說(shuō)，如果想要拿到純合的突變體材料，是不是在轉(zhuǎn)化完之后，第一代轉(zhuǎn)基因株系還得進(jìn)行回交或者自交？一到兩代后，才能拿到純合體，看表型？CRISPR小白，純好奇問(wèn)，謝謝！