預(yù)期的鏈置換信號(hào)放大反應(yīng)沒(méi)有發(fā)生
求助各位大佬,本人在做分子信標(biāo)識(shí)別(MB)和信號(hào)放大方面的工作,T是靶標(biāo)核酸鏈,B是理論上能將與MB結(jié)合的T替換下來(lái),游離的T再次與MB反應(yīng),以實(shí)現(xiàn)T的量放大的效果。具體步驟如下:
1、MB探針溶于緩沖溶液(10mM Tris-HCl,2mM EDTA,5mM MgCl2),95℃加熱5min,緩慢冷卻至4℃,得到發(fā)夾狀MB。B直接溶于緩沖溶液備用(10mM Tris-HCl,2mM EDTA)。
2、取MB于PBS溶液中,37℃孵育30min。測(cè)定熒光強(qiáng)度記作F0。
3、取MB和T適量于PBS溶液中,37℃孵育30min。測(cè)定熒光強(qiáng)度記作F1。
4、取MB和B適量于PBS溶液中,37℃孵育30min。測(cè)定熒光強(qiáng)度記作F2。
5、取MB和T適量于PBS溶液中,37℃孵育30min。取出,加入B探針,37℃孵育30min。測(cè)定熒光強(qiáng)度記作F3。
以上反應(yīng),MB:T:B為10:1:5。
結(jié)果發(fā)現(xiàn)熒光強(qiáng)度F0<F1<F2≈F3,理論上F3是明顯大于F2的,不知為何,檢測(cè)到的信號(hào)強(qiáng)度沒(méi)有明顯提高。目前推測(cè)是鏈B沒(méi)有將T置換以致F2與F3相近,不知各位大佬有無(wú)別的看法,或者具體一些的建議?
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molecular beacon的當(dāng)量為10,B會(huì)優(yōu)先和游離的過(guò)量molecular beacon結(jié)合而不會(huì)去競(jìng)爭(zhēng)T,F(xiàn)2就應(yīng)該約等于F3
那是否建議嘗試一下10:1:10
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37°C足夠打開(kāi)MB么? 能否加熱后退火?