你在瞎扯吧，牛頓定律只適用于宏觀

嚴格的說，在原子級尺度上應(yīng)該使用量子力學(xué)來描述運動過程，但是實際上，無論是在常見的第一性原理計算中，還是在分子力學(xué)、分子動力學(xué)模擬中，多數(shù)情況下，運動就是用牛頓力學(xué)描述的，直到遇到必須涉及量子特性的時候才會添加“修正”因素。所以樓主可以先只考慮牛頓力學(xué)，能符合就OK，不能就再改。

分子動力學(xué)應(yīng)該是遵循牛頓第二定律的

對于絕大多數(shù)情況下的原子、分子以及納米團簇，量子力學(xué)都會退化成經(jīng)典力學(xué)，因此它們的運動符合牛頓方程。這一點正是分子動力學(xué)這個模擬方法的理論根基，它既可以從理論上嚴格推導(dǎo)出來（見書籍Marx & Hutter - Ab Initio Molecular Dynamics的2.1節(jié)，該書可以在https://libgen.rs/下載），也已經(jīng)被無數(shù)次模擬與實驗的吻合所支持。

一個簡單判斷經(jīng)典力學(xué)是否適用的方法是所謂的經(jīng)典極限：原子的德布羅意波長lambda是否顯著小于原子間距a，即 lambda<a。其中a在晶體中就是晶格常數(shù)，在分子中就是化學(xué)鍵長，通常在埃也就是0.1nm量級。而 lambda=h/(2*pi*mk_BT)^0.5，代入幾個物理常數(shù)之后就得到 lambda=7/(MT)^0.5 埃，其中M為原子相對質(zhì)量，T為溫度（單位K）。

舉例，H原子，M=1，那么常溫300K下 lambda=0.4埃，和H-H鍵長0.7埃很接近，因此氫氣有量子效應(yīng)，但不顯著；低溫比如10K下，lambda=2埃，已經(jīng)大于鍵長了，量子效應(yīng)會非常顯著。正因為如此，模擬H原子運動往往不能用牛頓力學(xué)，而要借助路徑積分這種量子方法。
再舉例，C原子，M=12，那么常溫300K下 lambda=0.1埃，明顯小于C-C鍵長（2埃左右），所以量子效應(yīng)可以忽略；低溫比如10K下，lambda=0.6埃，變大了但是仍然小于C-C鍵長，所以量子效應(yīng)不會太顯著。

總之，只要不是極低溫、不是氫氦這樣的輕原子，量子效應(yīng)都可以忽略，原子運動都可以用牛頓方程描述。原子間作用力以及衍生出來的分子間、表面間作用力等等，可以在兩本非常好的專著中找到詳細的講解：Israelachvili - Intermolecular and Surface Forces (2011)，Kaplan - Intermolecular Interactions (2006)，也可以在上面提到的網(wǎng)站中下載，