 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 298 | 回復(fù): 0 | |||
[交流]
使用MolAICal發(fā)現(xiàn)蛋白受體潛在的活性口袋及位點
|
|
1. 引言 為了后續(xù)AIDD的智能化，MolAICal集成了P2Rank和 fpocket兩個模塊用于發(fā)現(xiàn)蛋白的活性位點。當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)受體未結(jié)合配體，或其活性口袋尚無相關(guān)報道時，就需要對其活性位點進(jìn)行預(yù)測。 P2Rank 和 fpocket是兩款常用的開源工具，均可用于識別受體中的潛在活性口袋。其中，fpocket 主要基于幾何和拓?fù)湓恚ň唧w為沃羅諾伊鑲嵌法），而 P2Rank 則以機(jī)器學(xué)習(xí)為核心，整合了局部表面特征與聚類技術(shù)。在應(yīng)用場景上，fpocket 適用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫的快速大規(guī)模篩選；相比之下，當(dāng)需要更高的預(yù)測精度、基于機(jī)器學(xué)習(xí)的結(jié)果優(yōu)化，以及對頂級候選結(jié)合位點進(jìn)行優(yōu)先級排序時，P2Rank 更為合適。 2. 材料 2.1 軟件要求 1）MolAICal：https://molaical.github.io 2）PyMOL：https://github.com/cgohlke/pymol-open-source-wheels 安裝 PyMOL 需依賴 “pip” 工具。用戶可先安裝 Miniconda（下載地址：https://www.anaconda.com/docs/getting-started/miniconda/install），再運(yùn)行以下命令： 最后，搜索關(guān)鍵詞 “pymol.exe”，找到該文件后創(chuàng)建桌面快捷方式。雙擊桌面快捷方式，即可啟動 PyMOL。 2.2 示例文件 1）本教程所需的全部示例文件可從以下鏈接下載： https://gitee.com/molaical/tutorials/tree/master/019-detect_pocket 3. 操作步驟 3.1 利用 p2rank 和 MolAICal 檢測活性口袋 進(jìn)入 “019-detect_pocket” 文件夾，運(yùn)行以下命令： 結(jié)果將保存在 “results” 文件夾中。在 PyMOL 中輸入命令 “cd 019-detect_pocket\results\visualizations”，進(jìn)入目標(biāo)文件夾；隨后在 PyMOL 中打開 “results\visualizations” 目錄下的 “1UYD.pdb.pml” 文件，即可顯示潛在活性口袋（見圖 1）。顯然，排名第一的活性口袋即為配體結(jié)合區(qū)域。 圖1 3.2 利用 fpocket 和 MolAICal 檢測活性口袋 進(jìn)入 “019-detect_pocket” 文件夾。 目前，fpocket 僅支持在 Linux 系統(tǒng)中運(yùn)行，運(yùn)行以下命令： 結(jié)果將保存在 “1UYD_out” 文件夾中。按與上述類似的操作：在 PyMOL 中輸入命令 “cd 019-detect_pocket\1UYD_out” 進(jìn)入目標(biāo)文件夾，然后在 PyMOL 中打開 “019-detect_pocket\1UYD_out” 目錄下的 “1UYD.pml” 文件，即可顯示潛在活性口袋（見圖 2）。同時加載 “1UYD.pdb” 文件中的配體，可觀察到排名第一的口袋同樣包含配體結(jié)合位點，這表明 fpocket 也能準(zhǔn)確識別蛋白質(zhì)受體的活性口袋。 圖2 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
0703 物理化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
化學(xué)工程321分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑 290分有科研經(jīng)歷，論文在投
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
308求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
本人考085602 化學(xué)工程 專碩
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
焦慮
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
0856求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
283求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
深圳大學(xué)碩士招生（2026秋，傳感器方向，僅錄取第一志愿）
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 MolAICal 的主題更新
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-15 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 梁成偉老師課題組歡迎你的加入 +6 | 一鴨鴨喲 2026-03-14 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 中科院材料273求調(diào)劑 +3 | yzydy 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩274一志愿211求調(diào)劑 +5 | 薛云鵬 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +4 | 時間點 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +5 | 一定有學(xué)上- 2026-03-14 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 中科大材料與化工319求調(diào)劑 +3 | 孟鑫材料 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工 323 英一+數(shù)二+物化，一志愿：哈工大 本人本科雙一流 +4 | 自由的_飛翔 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請] 現(xiàn)在如何回避去年的某一個專家，不知道名字 +3 | zk200107 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 267一志愿南京工業(yè)大學(xué)0817化工求調(diào)劑 +5 | SUICHILD 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
 云南財經(jīng)大學(xué)信息學(xué)院計算機(jī)學(xué)碩專碩學(xué)位點
+3
|
zjptai 2026-03-10 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿鄭大070303，338分，求調(diào)劑 +4 | dadawaf 2026-03-10 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 285 求調(diào)劑 資源與環(huán)境 一志愿北京化工大學(xué) +3 | 未名考生 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料專碩350 求調(diào)劑 +4 | 王金科 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +3 | S.H1 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 是Lupa啊 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 資源與環(huán)境 285 +3 | 未名考生 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +3 | ADT 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿：武漢理工，材料工程，英二數(shù)二 總分314 +3 | 2202020125 2026-03-10 | 4/200 |
|