求助，使用amber18的cpptraj從軌跡文件中提取rst文件缺少速度。
我想使用cpptraj從動力學(xué)軌跡文件中提取某一幀作為下一個動力學(xué)窗口的起始rst文件。指令操作如下：cpptraj
parm model.prmtop
trajin xxx.cdf 2000 2000 1
trajout 2000.rst7 restart
go
結(jié)果會生成一個2000.rst文件，但是我在使用這個文件進行下一步計算的時候，會報錯，ERROR: I could not find enough velocities in 13.5.rst7
此外，用這個指令生成的rst7文件大小與動力學(xué)自動保存的rst文件大小也不同。
想請問下這是什么原因�。繎�(yīng)該怎么修改cpptraj指令呢？謝謝~！
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更正一下，指令里的2000.rst7 跟報錯中的13.5.rst7是同一個文件。文件名實際上是一致的，文中打錯了。
你的軌跡中沒有保存速度，你可以重新加熱生成速度，固定住所有的骨架原子
amber軌跡一般不保存速度的，因為分析很少有用到
我使用動力學(xué)結(jié)束之后自動保存的那個rst文件可以正常跑。因為最后一幀的構(gòu)象不是我想要的 所以就想從軌跡文件中截取一個自己需要的
，
非常感謝您的提醒，amber軌跡里沒有速度信息。我想到怎么辦了。我打算重新跑動力學(xué)，調(diào)整一下參數(shù) 讓軌跡文件里保存速度信息。