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沒入塵埃5金蟲 (小有名氣)
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[求助]
菌種鑒定如何確定為一個新種，或者是已知的菌種？ 已有1人參與
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前段時間做了一個菌種鑒定，做了一個測序，測出來的結(jié)果在NCBI上比對的時候出現(xiàn)了親緣關(guān)系很近的菌種，測序用的是16S rDNA測序方法，得到的序列前120bp左右都幾乎是用N代表的，從120bp往后的序列，跟在NCBI上blast出來的菌是100%重合的，因此有幾個想問，希望路過的大神指點迷津： 1 16S測序得到的是細菌的16S片段，那我測序的菌前面沒測出來的120bp屬不屬于16S片段里的？ 2 16S測序是不是只能鑒定到細菌的屬，不能鑒定到種？是不是同屬的細菌的16S片段都是一樣的？測序公司說我送去的菌測出來的就是16S片段，比對出來的親緣關(guān)系最近的是芽孢桿菌，如果同屬的細菌的16S片段都是一樣的，那就只能說明我送去測序的菌是芽孢桿菌，還是不能知道它到底是什么菌種了 3 跟我測序的菌親緣關(guān)系很近的菌是芽孢桿菌屬，在NCBI上能找到這個菌，但是找不到這個菌的菌種具體是什么，NCBI上已經(jīng)登記的菌也找不到它具體的種嗎？如果可以找到，應該怎么找？ 附圖里是我在DANMAN里將我的菌與NCBI上blast出來的菌序列比對的結(jié)果，上面是我的菌，前面大概120bp左右長度是沒有測出來的那部分，下面是已知菌 DNAMAN上的序列比對.png NPGGLDMTN6S}14XQLO0JG7F.png |
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2樓2016-06-14 15:39:56
chinayanfei
木蟲 (小有名氣)
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- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物學
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一般在eztaxon(ezbiocloud)里面比對16S序列的！這個數(shù)據(jù)庫相對NCBI.就新種鑒定序列方面要專業(yè)多！之后在試試～序列一般克隆后的結(jié)果更好些 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2016-06-14 20:15:05
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