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xiaoxuan1111鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
求問教程里VASP算例中晶體Si的輸入文件POSCAR是怎么得到的 已有3人參與
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算例中的POSCAR文件是這樣的 system Si 5.430 0.5 0.5 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 2 cart 0.00 0.00 0.00 0.25 0.25 0.25 請問為什么晶體硅的原胞中只有兩個原子呢？我用MS建模得到的原胞中有4個原子啊 我搜到兩種獲得POSCAR的方法，一個是從MS中castep的.cell文件里復(fù)制 這是我用MS中castep得到的.cell中的文件 %BLOCK LATTICE_CART -0.000000000000000 2.713550000000001 2.713550000000000 2.713550000000001 0.000000000000000 2.713550000000000 2.713550000000000 2.713550000000000 -0.000000000000001 %ENDBLOCK LATTICE_CART %BLOCK POSITIONS_FRAC Si 0.1250000000000000 0.1250000000000000 0.1250000000000001 Si 1.1250000000000000 0.1249999999999999 -0.3749999999999998 Si 0.1249999999999999 -0.3750000000000000 1.1250000000000000 Si -0.3749999999999999 1.1250000000000002 0.1250000000000001 第二中方法是用MS建模后保存成.cif格式，然后導(dǎo)入VESTA軟件，再用這個軟件保存成POSCAR格式后，得到 Si 1.0 3.8375000954 0.0000000000 0.0000000000 1.9187500477 3.3233725696 0.0000000000 1.9187500477 1.1077908565 3.1333057072 Si 4 Cartesian 0.959375024 0.553895428 0.391663213 1.918750048 1.107790857 1.958316067 1.918750048 2.215581713 0.391663213 2.878125072 0.553895428 0.391663213 這兩種方法得到的基矢和原子坐標(biāo)是不一樣的，難道說它們是等價的嗎？ |
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4樓2016-03-23 21:14:58
5樓2016-03-31 07:21:37
【答案】應(yīng)助回帖
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個人認(rèn)為你初始在MS中的建模就是不正確的 沒有用正確的空間群信息，而是手動輸入了4個分?jǐn)?shù)坐標(biāo)? 對于Si來說，你最簡單的方法，是導(dǎo)入MS中自帶的結(jié)構(gòu)（~\share\Structures\semiconductors\Si.msi） 多說一句，Si的原胞是2個原子，單胞是8個原子，DFT計(jì)算中一般情況用原胞進(jìn)行計(jì)算 |
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6樓2016-03-31 09:26:07
xiaoxuan1111
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7樓2016-04-01 17:10:36
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送紅花一朵 |
謝謝回復(fù)！ 我空間群倒沒錯，我是從spring material上查到的Si晶體結(jié)構(gòu)信息 http://materials.springer.com/is ... ic/docs/sd_1622696# 按它給的信息，Si的原子坐標(biāo)是（1/8,1/8,1/8），用MS建模后原胞確實(shí)有4個原子，單胞有16個。 我試著改了一下原子坐標(biāo)，改成（0,0,0），用MS建模后就正常了，原胞2個，單胞8個，跟MS自帶的結(jié)構(gòu)是一樣的。 很奇怪，是我建模方法錯了，還是這個數(shù)據(jù)庫給的原子坐標(biāo)錯了呢？ |
8樓2016-04-01 17:20:51
xiaoxuan1111
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我今天又試了試，用MS建模時，227空間群的option中有兩個選項(xiàng)，Origin-1和Origin-2 用origin-1時，Si原子坐標(biāo)使用（0,0,0） 用origin-2時，Si原子坐標(biāo)使用（1/8,1/8,1/8），這樣都能得到8個原子的單胞和2個原子的原胞，生成的POSCAR文件分別是 Si_2 1.0 3.8375000954 0.0000000000 0.0000000000 1.9187500477 3.3233725696 0.0000000000 1.9187500477 1.1077908565 3.1333057072 Si 2 Direct 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.250000000 0.250000000 0.250000000 Si_3 1.0 3.8375000954 0.0000000000 0.0000000000 1.9187500477 3.3233725696 0.0000000000 1.9187500477 1.1077908565 3.1333057072 Si 2 Direct 0.125000000 0.125000000 0.125000000 0.875000000 0.875000000 0.875000000 晶格基矢相圖，原子坐標(biāo)不同，用VASP算了一下，總能和費(fèi)米能級是一樣的，所以它們應(yīng)該是等價的。 這樣新問題又來了，怎么根據(jù)晶體結(jié)構(gòu)信息http://materials.springer.com/is ... ic/docs/sd_1622696#，判斷該選用origin-1還是origin-2呢？ |
9樓2016-04-02 10:14:18
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