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趙紅霞鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
求一個(gè)MS7.0 Forcite模塊往集群（redhat）提交作業(yè)的pbs腳本
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我需要往集群上提交Forcite作業(yè)（MS7.0），提交作業(yè)時(shí)遇到兩種情況 （1）從網(wǎng)上搜的pbs腳本里雖然指定了隊(duì)列（big隊(duì)列），但是提交的作業(yè)都擠到第一個(gè)計(jì)算節(jié)點(diǎn)（small隊(duì)列）。這時(shí)是可以并行的，但是由于都擠到一起了，CPU占用率低。 （2）如果我在腳本里加上mpirun，作業(yè)不并行。 兩種情況下的腳本如下： （1）全部作業(yè)擠到第一個(gè)節(jié)點(diǎn)的pbs腳本如下： #!/bin/sh ################### #PBS -N 2p5 #PBS -l nodes=2:ppn=10 #PBS -q big #PBS -V #PBS -S /bin/bash ################### source /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh export LD_LIBRARY_PATH=/home/msi/Accelrys/LicensePack/linux/lib:$LD_LIBRARY_PATH export ACCELRYS_LIC_PACK_DIR=/home/msi/Accelrys/LicensePack cd $PBS_O_WORKDIR /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Scripting/bin/RunMatScript.sh -np 10 2p5 rm -f *.pid exit 0 （2）在RunMatScript.sh的前面加上mpirun，作業(yè)不并行的pbs腳本如下： #!/bin/sh ################### #PBS -N 2p5 #PBS -l nodes=2:ppn=10 #PBS -q big #PBS -V #PBS -S /bin/bash ################### source /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh export LD_LIBRARY_PATH=/home/msi/Accelrys/LicensePack/linux/lib:$LD_LIBRARY_PATH export ACCELRYS_LIC_PACK_DIR=/home/msi/Accelrys/LicensePack cd $PBS_O_WORKDIR NP=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l` /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio7.0/bin/mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np 20 /home/msi/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Scripting/bin/RunMatScript.sh 2p5 rm -f *.pid exit 0 請(qǐng)各位大俠只招。先謝謝了。 |
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趙紅霞
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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- 注冊(cè): 2011-12-20
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2016-04-01 10:31:36
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