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jin9090900銅蟲 (小有名氣)
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[交流]
利用NAMD模擬金屬配合物在有機(jī)溶液中的作用經(jīng)驗(yàn) 已有1人參與
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最近小弟想做MD模擬，鑒于功能強(qiáng)大，分析可拓展性。所以一直在學(xué)習(xí)NAMD，基本上挨個(gè)把tutorials做個(gè)遍。下面打算做自己的體系： 即金屬有機(jī)配合物在有機(jī)溶劑中的運(yùn)動(dòng)軌跡。 但是對(duì)于生物蛋白等大分子NAMD是很強(qiáng)大的，但是對(duì)于像我這樣的金屬配位小分子，甚至是四氫呋喃這樣的小分子溶劑都不是很容易。 通過查看歷史大家的寶貴經(jīng)驗(yàn)，我總結(jié)的計(jì)算經(jīng)驗(yàn)如下： 1. 首先用Gaussian計(jì)算金屬配位小分子及溶劑分子。計(jì)算得到的out文件轉(zhuǎn)成pdb文件 2. 把pdb文件通過swisscharm網(wǎng)站轉(zhuǎn)換出拓?fù)湮募�，修改拓�(fù)湮募畔�，如修改為ESP電荷等。 3. 利用psfgen把pdb文件連同拓?fù)湮募敵龀蒒AMD可執(zhí)行的pdb和psf文件。 4. 然后利用packmol程序用生成的pdb文件制作成溶劑盒子。 5. 然后修改conf調(diào)NAMD模擬計(jì)算。 但是非常非常麻煩。經(jīng)常出錯(cuò)，也許是我剛?cè)腴T，或許上面的順序仍然有很多錯(cuò)誤 開貼想跟大家一起討論下，大家一起分享下NAMD計(jì)算小分子溶劑中運(yùn)動(dòng)的寶貴經(jīng)驗(yàn)。謝謝！ |
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2樓2023-02-06 20:22:00
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