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Am Melody銀蟲 (小有名氣)
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“天河二號”上計算cl-neb出錯 已有1人參與
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我在“天河二號”上計算cl-neb，剛開始我算的一個任務IMAGES設的是1，可以順利算完，但我把IMAGES改成5后算兩步不到一分鐘就出錯退出，我想是否跟我并行的核數(shù)有關，之前看小木蟲上有前輩說到計算的cpu核心數(shù)需要是IMAGES的整數(shù)倍，（“天河二號”上一個節(jié)點是24核）于是我改成一個節(jié)點、并行20核，還有2個節(jié)點、并行40核，結(jié)果還是一樣的出錯退出計算，以下是slurm-174172.out里面的內(nèi)容，投的幾次都是一樣的出錯信息，求大神幫忙支招。 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 M_divide: can not subdivide 24 nodes by 5 Fatal error in MPI_Topo_test: Invalid communicator, error stack: MPI_Topo_test(125): MPI_Topo_test(MPI_COMM_NULL, topo_type=0x7fff3b557f04) failed MPI_Topo_test(76).: Null communicator Fatal error in MPI_Topo_test: Invalid communicator, error stack: MPI_Topo_test(125): MPI_Topo_test(MPI_COMM_NULL, topo_type=0x7fffc1f20c84) failed MPI_Topo_test(76).: Null communicator Fatal error in MPI_Topo_test: Invalid communicator, error stack: MPI_Topo_test(125): MPI_Topo_test(MPI_COMM_NULL, topo_type=0x7fff7ae64b04) failed MPI_Topo_test(76).: Null communicator Fatal error in MPI_Topo_test: Invalid communicator, error stack: MPI_Topo_test(125): MPI_Topo_test(MPI_COMM_NULL, topo_type=0x7fffe7806a04) failed MPI_Topo_test(76).: Null communicator yhrun: error: cn7699: tasks 20-23: Exited with exit code 1 yhrun: First task exited 60s ago yhrun: tasks 0-19: running yhrun: tasks 20-23: exited abnormally yhrun: Terminating job step 174172.0 slurmd[cn7699]: *** STEP 174172.0 KILLED AT 2016-04-01T20:45:58 WITH SIGNAL 9 *** yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish. slurmd[cn7699]: *** STEP 174172.0 KILLED AT 2016-04-01T20:45:58 WITH SIGNAL 9 *** yhrun: error: cn7699: tasks 0-19: Killed |
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