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Science:開發(fā)出活細胞編程語言
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在一項新的研究中,來自美國麻省理工學(xué)院(MIT)、波士頓大學(xué)和美國國家標(biāo)準(zhǔn)與技術(shù)研究院的研究人員構(gòu)建出一種編程語言,這種編程語言允許他們快速地設(shè)計復(fù)雜的DNA編碼的電路從而給活細胞提供新的功能。相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在2016年4月1日那期Science期刊上,論文標(biāo)題為“Genetic circuit design automation”。 利用這種語言,任何人都能夠編寫程序?qū)崿F(xiàn)他們想要的功能,比如檢測某些環(huán)境條件并對它們作出反應(yīng)。他們?nèi)缓竽軌蛟O(shè)計出一種DNA序列來實現(xiàn)這種功能。 論文通信作者、MIT生物工程教授Christopher Voigt說,“它簡直是細菌的編程語言。正如你對計算機進行編程那樣,你使用一種基于文本的語言。然后,你獲取這種文本,對它進行編譯,并將它轉(zhuǎn)化為一種DNA序列,這樣你能夠?qū)⑦@種序列放入細胞中,接著細胞內(nèi)部的生物電路就能夠運行它! 在這項研究中,研究人員利用這種語言構(gòu)建出能夠檢測多達3種輸入并以不同方式作出反應(yīng)的電路。這種編程的未來應(yīng)用包括設(shè)計細菌細胞,當(dāng)它們檢測到腫瘤時能夠制造抗癌藥物;或者,設(shè)計出酵母細胞,如果太多毒性的副產(chǎn)品堆積的話,那么它們就能夠阻止它們自己的發(fā)酵過程。研究人員計劃將這種用戶設(shè)計接口發(fā)布到網(wǎng)絡(luò)上。 并不需要有經(jīng)驗 在過去15年,生物學(xué)家和工程師們設(shè)計出很多基因組件(genetic part),如傳感器、記憶開關(guān)和生物鐘,它們能夠組合在一起修飾現(xiàn)有的細胞功能和加入新的功能。 然而,設(shè)計每種電路是一種辛苦費力的過程,需要大量的專業(yè)知識,而且經(jīng)常需要大量的試錯實驗。Voigt說,“你不得不真正地了解這些組件如何工作以及它們?nèi)绾螀f(xié)同發(fā)揮作用! 然而,利用這種新的編程語言,人們就不需要特別地了解基因工程方面的知識。 Voigt說,“你完全不需要了解它是如何工作的。這就是它與眾不同之處。你可以是一名高中生,訪問網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器,輸入你想要的程序,它就返回所需的DNA序列! Voigt說,這種語言是以Verilog---經(jīng)常被用來對計算機芯片進行編程---為基礎(chǔ)。為了開發(fā)出在細胞中工作的語言版本,研究人員設(shè)計了能夠在細菌細胞DNA中編碼的計算元件,如邏輯門和傳感器。這些傳感器能夠檢測不同的化合物,如氧氣或葡萄糖,也能夠檢測光線、溫度、酸度和其他環(huán)境條件。用戶們也能夠加入他們自己的傳感器。Voigt說,“它是非?啥ㄖ苹! 他說,最大的挑戰(zhàn)就是設(shè)計在這些電路中使用的14種邏輯門以至于當(dāng)將它們放入到活細胞的復(fù)雜環(huán)境中時,它們彼此之間不會相互干擾。 在當(dāng)前的編程語言版本中,這些基因組件在大腸桿菌中得到優(yōu)化,但是研究人員正在努力將這種語言延伸到其他的細菌菌株,包括經(jīng)常在人腸道中發(fā)現(xiàn)的擬桿菌屬細菌,經(jīng)常在植物根部中生存的假單胞菌屬細菌,以及釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)。這將允許用戶們撰寫單個程序,然后針對不同的有機體進行編譯,從而針對每種有機體獲得合適的DNA序列。 生物電路 利用這種語言,研究人員編程了60種不同功能的電路,其中的45種在他們第一次測試時就能夠正常地工作,而且很多電路能夠測量一種或多種環(huán)境條件,如氧氣水平或葡萄糖濃度,并且相應(yīng)地作出反應(yīng)。還有一種電路能夠?qū)θN不同的輸入進行排名,然后基于每種輸入的優(yōu)先級作出反應(yīng)。 在這些新的電路中,有一種電路是有史以來設(shè)計出的最大生物電路,含有7個邏輯門和大約1.2萬個堿基對DNA序列。 這種技術(shù)的另一種優(yōu)勢在于它的快速。Voigt說,在此之前,“它需要數(shù)年時間設(shè)計這些類型的電路。如今,你僅僅需要按一下開關(guān),立即就會獲得DNA序列進行測試! 他的團隊計劃利用這種方法開展多種不同的應(yīng)用:細菌經(jīng)吞咽后協(xié)助乳糖消化;能夠在植物根部生存的細菌檢測到植物遭受攻擊時產(chǎn)生殺蟲劑;酵母經(jīng)改造后當(dāng)它們在發(fā)酵反應(yīng)器中產(chǎn)生太多毒性副產(chǎn)品時能夠停止發(fā)酵。 原文 Genetic circuit design automation http://science.sciencemag.org/content/352/6281/aac7341 |
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