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Catherine-ru金蟲 (小有名氣)
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[交流]
全基因組分析揭示人類結(jié)直腸癌細(xì)胞在缺血環(huán)境下DNA低甲基化調(diào)節(jié)活性基因的表達(dá)
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推薦理由 1.文中同時(shí)存在甲基化和表達(dá)的數(shù)據(jù)，對(duì)于研究低氧和低糖的研究具有較大意義， 2.文中只研究了低氧和低糖共有部分的基因，可以挖掘低氧和低糖特有的與結(jié)直腸癌相關(guān)的機(jī)制。 文獻(xiàn)信息 Genome-Wide Analysis in Human Colorectal Cancer Cells Reveals Ischemia-Mediated Expression of Motility Genes via DNA Hypomethylation PMID: 25079072 影響因子： 3.234 文章內(nèi)容： DNA 低甲基化是一種重要的表觀遺傳修飾被發(fā)現(xiàn)在許多不同類型的癌癥中發(fā)生，導(dǎo)致之前的沉默基因上調(diào)和基因組穩(wěn)定性的缺失。我們先前表明，缺氧和低血糖(缺血)，是在固體腫瘤兩個(gè)常見的微環(huán)境變化， 在人類大腸癌細(xì)胞中通過降低DNA甲基轉(zhuǎn)移酶減少DNA甲基化。這里，我們利用全基因組跨平臺(tái)的方法來通過缺血識(shí)別基因甲基化和上調(diào)。在缺氧或低血糖條件下， 通過Affymetrix啟動(dòng)子芯片分析人類大腸癌細(xì)胞系(HCT116) DNA甲基化。此外，使用Affymetrix表達(dá)譜芯片平行分析這些樣本。IPA分析顯示，大部分的基因甲基化和基因上調(diào)參與細(xì)胞運(yùn)動(dòng)，包括PLAUR和CYR61�；啄せ|(zhì)入侵分析顯示，事實(shí)上HCT116細(xì)胞生長(zhǎng)在缺氧或那些條件下增加了流動(dòng)性能力。使用qPCR驗(yàn)證確認(rèn)細(xì)胞運(yùn)動(dòng)相關(guān)基因的高表達(dá)。在癌癥發(fā)展過程中缺血和轉(zhuǎn)移之間有關(guān)，但負(fù)責(zé)這個(gè)的分子機(jī)制尚未明確確定。我們的新數(shù)據(jù)表明，缺氧和低血糖可能通過DNA甲基轉(zhuǎn)移酶減少導(dǎo)致DNA甲基化的改變。這是我們所知道的第一個(gè)提供了一個(gè)在缺血性細(xì)胞中潛在增加轉(zhuǎn)移性的解釋;也就是缺血可能推動(dòng)DNA 低甲基化和增加細(xì)胞運(yùn)動(dòng)基因的表達(dá)。 樣本信息 樣本數(shù)量：9 GEO編號(hào)：GSE58049 物種：人  數(shù)據(jù)復(fù)用方案 1.同時(shí)查看低氧組和低糖組特有基因，分別挖掘2組與結(jié)直腸癌生長(zhǎng)有關(guān)的基因。  需要查看方案運(yùn)行結(jié)果，請(qǐng)到實(shí)驗(yàn)室聯(lián)系服務(wù)顧問，申請(qǐng)加入結(jié)直腸癌聯(lián)盟實(shí)驗(yàn)室。 GCBI周年慶 4波好禮豪送不停 活動(dòng)時(shí)間：2016.04.05-2016.05.27 第一波大禮： 4月5日~4月17日，購(gòu)買GCBI年賬戶立送價(jià)值5688元的Apple ipad pro一臺(tái) 購(gòu)買GCBI半年賬戶立送價(jià)值2788元的ipad mini4一臺(tái)或Apple watch一部任選其一 購(gòu)買GCBI月賬戶立送迪士尼雙人門票或亞馬遜Kindle電子書任選其一 更多活動(dòng)信息請(qǐng)掃描下方二維碼關(guān)注GCBI知識(shí)庫(kù)并回復(fù)“周年慶”； 或點(diǎn)擊活動(dòng)頁(yè)：GCBI周年慶活動(dòng)  |
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