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hlfhehe金蟲 (小有名氣)
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[求助]
Blast的時(shí)候選擇同源序列與什么要求嗎？ 已有1人參與
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| Blast的時(shí)候選擇同源序列與什么要求嗎？另外，比對時(shí)什么時(shí)候需要序列翻轉(zhuǎn)，什么時(shí)候不需要那？新手求高手指點(diǎn)！主要是自己做的序列樹不太好! |
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haloarchaeon
金蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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1、選擇 Optimize for Highly similar sequences (megablast)； 2、比對不需要序列翻轉(zhuǎn)。 但不建議用Blast，主要是NCBI上的好多序列都是沒有甄別過，對于新手，容易誤導(dǎo)。 建議用EzTaxon或EzFungi（http://www.ezbiocloud.net/eztaxon），比對原核微生物或真菌。 這個(gè)數(shù)據(jù)庫的比對結(jié)果國際上認(rèn)可。 |
2樓2016-04-10 23:17:27
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