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lammps 輸出的lammpsstrj導進vmd中模型為什么會出現(xiàn)連續(xù)的移動？我是做拉伸模擬 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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alundilong
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2樓2016-04-24 01:25:35
3樓2016-04-24 09:55:55
alundilong
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4樓2016-04-25 04:51:00
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# LAMMPS cu units metal dimension 3 boundary s s s atom_style atomic neighbor 2.0 bin neigh_modify every 1 read_data data.cu pair_style hybrid eam/alloy airebo 3.0 1 1 lj/cut 10.0 pair_coeff * * eam/alloy Cu_zhou.eam.alloy NULL Cu pair_coeff * * airebo CH.airebo C NULL pair_coeff 1 2 lj/cut 0.019996 3.225 timestep 0.001 thermo 1000 group lower id <= 133 group force id >= 2539 group boundary union lower force group mobile subtract all lower force velocity mobile create 300 825577 dist gaussian velocity boundary set 0.0 0.0 0.0 units box fix 2 lower setforce 0.0 0.0 0.0 fix 3 force setforce 0.0 0.0 0.0 minimize 1.0e-8 1.0e-8 10000 10000 reset_timestep 0 compute 2 mobile temp/com compute 3 all pe/atom compute 4 all ke/atom compute 5 all coord/atom 3.0 compute s1 all stress/atom NULL compute strec1 mobile reduce sum c_s1[2] variable strecy equal c_strec1/(ly*lz*lx*10000) compute strec2 mobile reduce sum c_s1[1] variable strecx equal c_strec2/(ly*lz*lx*10000) thermo_style custom step c_2 pe ke vol v_strecx v_strecy lx ly lz dump 6 all custom 1000 lashen.lammpstrj id type x y z c_3 fix 10 all nvt temp 300 300 0.01 fix_modify 10 temp 2 label loop variable i loop 300 displace_atoms force move 0.0 0.05 0.0 units box displace_atoms lower move 0.0 -0.05 0.0 units box run 100000 next i jump in.cu loop |
5樓2016-04-25 15:05:17
alundilong
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【答案】應助回帖
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abel loop variable i loop 300 displace_atoms force move 0.0 0.05 0.0 units box displace_atoms lower move 0.0 -0.05 0.0 units box 這幾行放在了循環(huán)里，那么你的group force/lower的原子，在每個循環(huán)中都要平移，不是嗎？ 樓主為什么不用fix deform拉升呢？ http://lammps.sandia.gov/doc/fix_deform.html https://icme.hpc.msstate.edu/med ... anowire_Deformation |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
6樓2016-04-26 04:08:12
送紅花一朵 |
謝謝，那應該怎么修改一下in文件它才不會發(fā)生平移把displace atom這幾行移出label循環(huán)中？我之前用的是deform拉伸，每次拉伸都不在中間斷裂而且得到數(shù)值不準確所以我就換了一種拉伸方法 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
7樓2016-04-26 09:17:27
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